Fitting Models.... Error in { : task 1 failed - "$ operator is invalid for atomic vectors"

Question

Fitting Models.... Error in { : task 1 failed - "$ operator is invalid for atomic vectors"

Closed this issue 5 years ago · 6 comments

Olá, gostaria de saber se existe algum erro com o meu código, pois não consigo rodar até o fim...

ENMTML(pred_dir = "C:\Users\MASTER\Google Drive\Papers em andamento\Carlos - masdevallia\r\preditoras_2.5km",
proj_dir = NULL,
occ_file = "C:\Users\MASTER\Google Drive\Papers em andamento\Carlos - masdevallia\r\masd.txt",
sp = "species",
x = "x",
y = "y",
min_occ = 10,
thin_occ=c(method='MORAN'),
eval_occ = NULL,
colin_var=c(method='PCA'),
imp_var = FALSE,
sp_accessible_area=c(method='MASK', filepath= "C:\Users\MASTER\Google Drive\Papers em andamento\Carlos - masdevallia\r\shapes\mask.shp"),
pseudoabs_method=c(method='ENV_CONST'),
pres_abs_ratio = 1,
part=c(method= 'BLOCK'),
save_part = TRUE,
save_final = TRUE,
algorithm="BIO",
thr=c(type="LPT"),
msdm=c(method="KER"),
ensemble=c(method="PCA"),
extrapolation = TRUE,
cores = 2)

Answer 1 · 2020-05-21T17:56:36.000Z

Olá Acho que o problema pode ser no caminho de teu diretório tenten mudar \ por / nos argumentos pred_dir, occ_dir e sp_accessible_are. Caso o erro persista. Após o erro acontecer excecute *capture.output(traceback(), file = "traceback_output.txt")* (caso não saiba onde foir guardado o txt excute *getwd()* ) Mande para nos esse txt e o erro que apareceu no console. Att,. El jue., 21 may. 2020 a las 14:03, rogeriovictorsg (< notifications@github.com>) escribió:

…

Olá, gostaria de saber se existe algum erro com o meu código, pois não consigo rodar até o fim... ENMTML(pred_dir = "C:\Users\MASTER\Google Drive\Papers em andamento\Carlos - masdevallia\r\preditoras_2.5km", proj_dir = NULL, occ_file = "C:\Users\MASTER\Google Drive\Papers em andamento\Carlos - masdevallia\r\masd.txt", sp = "species", x = "x", y = "y", min_occ = 10, thin_occ=c(method='MORAN'), eval_occ = NULL, colin_var=c(method='PCA'), imp_var = FALSE, sp_accessible_area=c(method='MASK', filepath= "C:\Users\MASTER\Google Drive\Papers em andamento\Carlos - masdevallia\r\shapes\mask.shp"), pseudoabs_method=c(method='ENV_CONST'), pres_abs_ratio = 1, part=c(method= 'BLOCK'), save_part = TRUE, save_final = TRUE, algorithm="BIO", thr=c(type="LPT"), msdm=c(method="KER"), ensemble=c(method="PCA"), extrapolation = TRUE, cores = 2) — You are receiving this because you are subscribed to this thread. Reply to this email directly, view it on GitHub <#203>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AGW3YWC6R7CJE4OTZW6T3RLRSVNHVANCNFSM4NG72UYA> .

-- Santiago J. E. Velazco, PhD Instituto de Biología Subtropical (*Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas* -*Universidad Nacional de Misiones*) <https://twitter.com/Santiag43066556> <https://www.researchgate.net/profile/Santiago_Velazco3> <https://orcid.org/0000-0002-7527-0967>

Answer 2 · 2020-05-21T19:26:58.000Z

Continuou com o mesmo tipo de erro: "Error in { : task 1 failed - "$ operator is invalid for atomic vectors""

traceback_output.txt

Answer 3 · 2020-05-25T12:46:27.000Z

Olá Rogerio Sugiro modificar algúns parámetros da parametrização do programa marcado em vermelho abaixo ENMTML(pred_dir = "C:\Users\MASTER\Google Drive\Papers em andamento\Carlos - masdevallia\r\preditoras_2.5km", proj_dir = NULL, occ_file = "C:\Users\MASTER\Google Drive\Papers em andamento\Carlos - masdevallia\r\masd.txt", sp = "species", x = "x", y = "y", min_occ = 10, thin_occ=c(method='MORAN'), eval_occ = NULL, colin_var=c(method='PCA'), imp_var = FALSE, sp_accessible_area=c(method='MASK', filepath= "C:\Users\MASTER\Google Drive\Papers em andamento\Carlos - masdevallia\r\shapes\mask.shp"), pseudoabs_method=c(method='ENV_CONST'), pres_abs_ratio = 1, part=c(method= 'BLOCK'), save_part = TRUE, save_final = TRUE, *algorithm="BIO", #(se você usou *pseudoabs_method=c(method='ENV_CONST')* tem que usar outro algoritmo aquie, porque o ENV_CONST usa um modelo bioclim para alocação de pesudo ausencias* thr=c(type="LPT"), msdm=c(method="KER"), *ensemble=c(method="PCA"), # tem que usar ensemble só quando tiver mais de um algoritmo, no te caso só tem um *extrapolation = TRUE, cores = 2) Caso o problema persistir teria como você enviar os dados dados raster da pasta PCA que foi gerada dentro da pasta das variáveis ambientais, e os seguintes arquivos e pastas que estão dentro da pasta Result: 1)Occurrences_Cleaned.txt, 2)a pasta BLOCK e 3)pasta MASK? Assim posso ver com mais precisõa onde está o erro Abraço El jue., 21 may. 2020 a las 16:27, rogeriovictorsg (< notifications@github.com>) escribió:

…

Continuou com o mesmo tipo de erro: "Error in { : task 1 failed - "$ operator is invalid for atomic vectors"" traceback_output.txt <https://github.com/andrefaa/ENMTML/files/4664304/traceback_output.txt> — You are receiving this because you commented. Reply to this email directly, view it on GitHub <#203 (comment)>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AGW3YWGMSJHTTMP4PNCBPE3RSV6BBANCNFSM4NG72UYA> .

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Answer 4 · 2020-05-25T17:12:09.000Z

Segui esses passos que você recomentou e continuo sem sucesso... Estou enviando também o arquivo de ocorrências, como você pode ver, é uma especie extremamente restrita, endêmica da Colômbia e região... Pensei que talvez essa baixa quantidade de ocorrências possa ter influenciado... Ah, enquanto roda o ajuste dos modelos, eu pedi pra salvar o parcial também, e essa parte foi salva com sucesso, enviei junto pra você dar uma olhada também...

O código ficou assim (rodei chamando as preditoras direto na função ENMTML e atribuindo como valores assim):

pred = "C:/Users/MASTER/Google Drive/Papers em andamento/Carlos - masdevallia/r/preditoras_5km"
occor = "C:/Users/MASTER/Google Drive/Papers em andamento/Carlos - masdevallia/r/masd.txt"
mask = "C:/Users/MASTER/Google Drive/Papers em andamento/Carlos - masdevallia/r/shapes/mask.shp"

ENMTML(pred_dir = pred,
proj_dir = NULL,
occ_file = occor,
sp = "species",
x = "x",
y = "y",
min_occ = 5,
thin_occ=c(method='MORAN'),
eval_occ = NULL,
colin_var=c(method='PCA'),
imp_var = FALSE,
sp_accessible_area=c(method='BUFFER', type='1'),
pseudoabs_method=c(method='RND'),
pres_abs_ratio = 0.7,
part=c(method= 'BLOCK'),
save_part = TRUE,
save_final = TRUE,
algorithm="MXS",
thr=c(type="LPT"),
msdm=c(method="KER"),
ensemble=NULL,
extrapolation = FALSE,
cores = 2)

dados_masd.zip

Answer 5 · 2020-05-26T14:49:24.000Z

Olá Rogerio o problema está na parte para salvar modelos parciais save_part = TRUE, recomento não usar esse argumento por enquanto (ou seja use como save_part = FALSE) já que teremos que corrigir esse problema nas próximas semanas. Obrigado por ter reportado esse erro. El lun., 25 may. 2020 a las 14:12, rogeriovictorsg (< notifications@github.com>) escribió:

…

Segui esses passos que você recomentou e continuo sem sucesso... Estou enviando também o arquivo de ocorrências, como você pode ver, é uma especie extremamente restrita, endêmica da Colômbia e região... Pensei que talvez essa baixa quantidade de ocorrências possa ter influenciado... Ah, enquanto roda o ajuste dos modelos, eu pedi pra salvar o parcial também, e essa parte foi salva com sucesso, enviei junto pra você dar uma olhada também... O código ficou assim (rodei chamando as preditoras direto na função ENMTML e atribuindo como valores assim): pred = "C:/Users/MASTER/Google Drive/Papers em andamento/Carlos - masdevallia/r/preditoras_5km" occor = "C:/Users/MASTER/Google Drive/Papers em andamento/Carlos - masdevallia/r/masd.txt" mask = "C:/Users/MASTER/Google Drive/Papers em andamento/Carlos - masdevallia/r/shapes/mask.shp" ENMTML(pred_dir = pred, proj_dir = NULL, occ_file = occor, sp = "species", x = "x", y = "y", min_occ = 5, thin_occ=c(method='MORAN'), eval_occ = NULL, colin_var=c(method='PCA'), imp_var = FALSE, sp_accessible_area=c(method='BUFFER', type='1'), pseudoabs_method=c(method='RND'), pres_abs_ratio = 0.7, part=c(method= 'BLOCK'), save_part = TRUE, save_final = TRUE, algorithm="MXS", thr=c(type="LPT"), msdm=c(method="KER"), ensemble=NULL, extrapolation = FALSE, cores = 2) dados_masd.zip <https://github.com/andrefaa/ENMTML/files/4678225/dados_masd.zip> — You are receiving this because you commented. Reply to this email directly, view it on GitHub <#203 (comment)>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AGW3YWATU3TVYXI6WW7H37DRTKRHNANCNFSM4NG72UYA> .

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Answer 6 · 2020-05-27T04:15:28.000Z

Deu certo, muito obrigado!