Problemas com projeções
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Thiieres commented
Estou tendo problemas com as projeções dos meus modelos, tanto para cenários climáticos, quanto para outras áreas.
A função roda normal, o modelo para a condição climática inicial parece estar correto, mas os modelos projetados ou ficam com valores nulos (todos os pixels com 0) ou apresentam uma amplitude de valores muito baixa (0 - 0,4 ou 0 - 3).
sjevelazco commented
Olá Thiieres
Será que você pode enviar para nós um banco de dados com a ocorrência de
uma das espécies que está tendo esse erro e as variáveis ambientais do
presente e um cenário futuro (o que tiver erro). Por favor nos diga (com
copy and paste) como você configurou a função ENMTML. Assim nós conseguimos
reproduzir a modelagem e ver onde está o erro.
Abs
El mié, 10 mar 2021 a las 22:34, Thiieres ***@***.***>)
escribió:
… Estou tendo problemas com as projeções dos meus modelos, tanto para
cenários climáticos, quanto para outras áreas.
A função roda normal, o modelo para a condição climática inicial parece
estar correto, mas os modelos projetados ou ficam com valores nulos (todos
os pixels com 0) ou apresentam uma amplitude de valores muito baixa (0 -
0,4 ou 0 - 3).
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Santiago J. E. Velazco, PhD
<https://twitter.com/Santiag43066556>
<https://www.researchgate.net/profile/Santiago_Velazco3>
<https://orcid.org/0000-0002-7527-0967>
Thiieres commented
Olá, Santiago
Estou enviando os dados e a função para vocês avaliarem o erro. Como falei no Github, os valores dos pixels nos raster da projeção ficam estranhos, fiz alguns outros procedimentos com outros dados e em nenhum os valores iam de 0 a 1, alguns inclusive apresentavam valores negativos.
ENMTML(
pred_dir = d_env,
proj_dir = d_fut,
occ_file = d_occ,
result_dir=NULL,
sp = 'sp',
x = 'y',
y = 'x',
min_occ = 10,
thin_occ = NULL,
eval_occ = NULL,
colin_var = c(method='PCA'),
imp_var = TRUE,
sp_accessible_area = c(method='BUFFER', type='2', width='50'),
pseudoabs_method = c(method ='RND'),
pres_abs_ratio = 0.7,
part=c(method= 'KFOLD', folds='2'),
save_part = FALSE,
save_final = TRUE,
algorithm = c('MXD', 'BIO', 'GLM'),
thr = c(type='LPT'),
msdm = NULL,
ensemble = NULL,
extrapolation = FALSE,
cores = 2
)
Atenciosamente.
Thieres Almeida
Universidade Federal de Sergipe (UFS)
Laboratório de Ecologia e Conservação da Biodiversidade (LECoB<https://jrfabricante.wixsite.com/ecologia/laboratorio>)
Lattes<http://lattes.cnpq.br/1498677441582358>
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De: Santiago J.E. Velazco ***@***.***>
Enviado: quinta-feira, 11 de março de 2021 09:18
Para: andrefaa/ENMTML ***@***.***>
Cc: Thiieres ***@***.***>; Author ***@***.***>
Assunto: Re: [andrefaa/ENMTML] Problemas com projeções (#325)
Olá Thiieres
Será que você pode enviar para nós um banco de dados com a ocorrência de
uma das espécies que está tendo esse erro e as variáveis ambientais do
presente e um cenário futuro (o que tiver erro). Por favor nos diga (com
copy and paste) como você configurou a função ENMTML. Assim nós conseguimos
reproduzir a modelagem e ver onde está o erro.
Abs
El mié, 10 mar 2021 a las 22:34, Thiieres ***@***.***>)
escribió:
Estou tendo problemas com as projeções dos meus modelos, tanto para
cenários climáticos, quanto para outras áreas.
A função roda normal, o modelo para a condição climática inicial parece
estar correto, mas os modelos projetados ou ficam com valores nulos (todos
os pixels com 0) ou apresentam uma amplitude de valores muito baixa (0 -
0,4 ou 0 - 3).
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sjevelazco commented
Ola Thiieres
Não chegaram os dados par areproduzir o teu erro.
sjevelazco commented
Ola Thiieres
Não chegaram os dados par areproduzir o teu erro.
El jue, 11 mar 2021 a las 20:08, Thiieres ***@***.***>)
escribió:
… Olá, Santiago
Estou enviando os dados e a função para vocês avaliarem o erro. Como falei
no Github, os valores dos pixels nos raster da projeção ficam estranhos,
fiz alguns outros procedimentos com outros dados e em nenhum os valores iam
de 0 a 1, alguns inclusive apresentavam valores negativos.
ENMTML(
pred_dir = d_env,
proj_dir = d_fut,
occ_file = d_occ,
result_dir=NULL,
sp = 'sp',
x = 'y',
y = 'x',
min_occ = 10,
thin_occ = NULL,
eval_occ = NULL,
colin_var = c(method='PCA'),
imp_var = TRUE,
sp_accessible_area = c(method='BUFFER', type='2', width='50'),
pseudoabs_method = c(method ='RND'),
pres_abs_ratio = 0.7,
part=c(method= 'KFOLD', folds='2'),
save_part = FALSE,
save_final = TRUE,
algorithm = c('MXD', 'BIO', 'GLM'),
thr = c(type='LPT'),
msdm = NULL,
ensemble = NULL,
extrapolation = FALSE,
cores = 2
)
Atenciosamente.
Thieres Almeida
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Laboratório de Ecologia e Conservação da Biodiversidade (LECoB<
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Assunto: Re: [andrefaa/ENMTML] Problemas com projeções (#325)
Olá Thiieres
Será que você pode enviar para nós um banco de dados com a ocorrência de
uma das espécies que está tendo esse erro e as variáveis ambientais do
presente e um cenário futuro (o que tiver erro). Por favor nos diga (com
copy and paste) como você configurou a função ENMTML. Assim nós conseguimos
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> Estou tendo problemas com as projeções dos meus modelos, tanto para
> cenários climáticos, quanto para outras áreas.
> A função roda normal, o modelo para a condição climática inicial parece
> estar correto, mas os modelos projetados ou ficam com valores nulos
(todos
> os pixels com 0) ou apresentam uma amplitude de valores muito baixa (0 -
> 0,4 ou 0 - 3).
>
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Thiieres commented
Que estranho, enviei os arquivos comprimidos em .rar. De qualquer forma, vou enviar novamente em . zip aqui pelo Github
Dados_modelagem.zip
sjevelazco commented
Olá
Agora chegaram os dados. Vou tentar de dar um retorno até a segunda.
sjevelazco commented
Olá Thiiere
Revisei o teu código. O teu problema são as variáveis ambientais. Tem
algumas variávies no futuro que estão em outra escala (é o caso do B1, B2,
B4, B5, B6, B7, B8, B9, B10 e B11) por isso estão projetando valores de
"suitabilities" iguais a zero. Vai ter que corrigir a tuas variávies do
futuro. Tente usar a mesma fonte de dados bioclimático tanto do presente
com do futuro ;)
d_env <- "./Dados_modelagem/current_env_var" %>% list.files(pattern =
"tif$", full.names = T) %>% stack
d_fut <- "./Dados_modelagem/future_env_var/2050" %>% list.files(pattern =
"tif$", full.names = T) %>% stack
plot(d_env)
plot(d_fut)
range_present <- cellStats(d_env, range) %>% data.frame()
range_future <-cellStats(d_fut, range)%>% data.frame()
dplyr::bind_rows(range_present, range_future)
dplyr::bind_rows(range_present, range_future)
B1 B10 B11 B12 B13 B14 B15 B16 B17 B18 B19
B2 B3 B4 B5
1 16.78950 17.79733 15.03200 312 52 0 21.99293 143 0 16 0
6.751667 54.76498 50.6989 23.280
2 27.97528 29.21533 27.27444 1742 403 70 125.49658 1026 236 506 941
15.747000 89.10486 205.3983 36.056
3 188.00000 200.00000 169.00000 302 45 0 25.00000 121 0 9 0
67.000000 61.00000 510.0000 271.000
4 301.00000 315.00000 293.00000 1680 422 44 130.00000 1010 178 468 979
143.000000 86.00000 2059.0000 389.000
B6 B7 B8 B9
1 9.432 8.763157 17.61533 15.50667
2 22.152 19.535999 28.20667 28.43000
3 103.000 86.000000 197.00000 178.00000
4 242.000 209.000000 303.00000 308.00000
Abraços
El jue, 18 mar 2021 a las 10:47, Thiieres ***@***.***>)
escribió:
… Olá, Santiago
Que estranho, eu enviei os arquivos comprimidos em um arquivo .rar e aqui
ele está aparecendo
[cid:92aa762e-d852-4030-86b3-26835431638c]
De qualquer forma, vou enviar novamente!
Atenciosamente.
Thieres Almeida
Universidade Federal de Sergipe (UFS)
Laboratório de Ecologia e Conservação da Biodiversidade (LECoB<
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Assunto: Re: [andrefaa/ENMTML] Problemas com projeções (#325)
Ola Thiieres
Não chegaram os dados par areproduzir o teu erro.
El jue, 11 mar 2021 a las 20:08, Thiieres ***@***.***>)
escribió:
> Olá, Santiago
>
> Estou enviando os dados e a função para vocês avaliarem o erro. Como
falei
> no Github, os valores dos pixels nos raster da projeção ficam estranhos,
> fiz alguns outros procedimentos com outros dados e em nenhum os valores
iam
> de 0 a 1, alguns inclusive apresentavam valores negativos.
>
>
> ENMTML(
> pred_dir = d_env,
> proj_dir = d_fut,
> occ_file = d_occ,
> result_dir=NULL,
> sp = 'sp',
> x = 'y',
> y = 'x',
> min_occ = 10,
> thin_occ = NULL,
> eval_occ = NULL,
> colin_var = c(method='PCA'),
> imp_var = TRUE,
> sp_accessible_area = c(method='BUFFER', type='2', width='50'),
> pseudoabs_method = c(method ='RND'),
> pres_abs_ratio = 0.7,
> part=c(method= 'KFOLD', folds='2'),
> save_part = FALSE,
> save_final = TRUE,
> algorithm = c('MXD', 'BIO', 'GLM'),
> thr = c(type='LPT'),
> msdm = NULL,
> ensemble = NULL,
> extrapolation = FALSE,
> cores = 2
> )
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> Atenciosamente.
> Thieres Almeida
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> Olá Thiieres
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sjevelazco commented
Nothing for debugging. Problems with user future variables.