Hér eru skrár og kóði á bak við vefsíðuna bgautijonsson.shinyapps.io/COVID_Dashboard, covid.hi.is og annar kóði sem ég hef verið að fikta við.
Ég vinn með tvenns konar gögn:
-
Heimsgögn frá ECDC (European CDC).
-
Íslandsgögn frá Landlækni og Almannavörnum, sem ég hef sjálfur sótt og geymi í google drive í slóð: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1xgDhtejTtcyy6EN5dbDp5W3TeJhKFRRgm6Xk0s0YFeA sæki svo gögnin með googlesheets4 pakkanum og skrifa út þær skrár sem ég tel mig munu vilja nota.
Todo
- Vinna með gögn skipt niður á svæði á Íslandi
- John Snow cholera-esque data product
Forspárlíkanið eins og það er nú er staðsett í Stan/Logistic/Hierarchical_Logistic_Cases.stan. Ferlið til að meta líkan og fá forspár er:
Make_Stan_Data.RMake_Stan_Model.RMake_Stan_Predictions.R
Skýrsla og myndir koma svo með því að keyra Simulation_Report/Make_Simulation_Report.R.
Todo
- Auðvelda að hlaða niður töflum með gögnum og forspám
- Bæta við Íslensk gögn um spítalalegur og smitatíðni eftir aldurshópum
- Vantar spatial hluta í líkanið
Vefsíðan bgautijonsson.shinyapps.io/COVID_Dashboard er öll sett upp í dashboard möppunni, nánar tiltekið dashboard/app.R skránni. Ég hef ekki komið mér í að commenta vel kóðann þar, en ef einhver hefur áhuga á að taka við viðhaldi á appinu hafið endilega samband og við förum yfir þetta.
Todo
- Koma yfir á HÍ shiny server