Данный проект представляет собой анализ геномных данных Sars-cov2 с использованием библиотеки Biopython. В процессе анализа мы будем использовать различные методы и функции, доступные в этой библиотеке, чтобы получить информацию о геномной последовательности.
Цель проекта - проанализировать геномную последовательность Sars-cov2, используя библиотеку Biopython. Мы хотим получить информацию о составе нуклеотидов, GC составе, частотах кодонов, а также произвести in silico транскрипцию и трансляцию для получения белковых последовательностей. Также мы будем использовать blast для поиска информации о функциях белков.
Для выполнения данного проекта мы будем использовать следующие инструменты:
- Python 3
- Библиотека Biopython
- Установите Python 3 на свой компьютер, если он еще не установлен.
- Установите зависимости для проекта, настройте виртуальное окружение командой
make init. - Скачайте геномную последовательность Sars-cov2 в формате FASTA (Или возьмите наш файл
covid_sequence.fasta). - Запустите скрипт
sars-cov2_analysis.py, указав путь к файлу с геномной последовательностью в качестве аргумента командной строки. - Результаты анализа будут выведены в консоль.
С помощью библиотеки Biopython мы можем получить следующую информацию о геномной последовательности:
- Частоты встречаемости нуклеотидов A, G, C, T.
- GC состав.
- Частоты кодонов.
- Белковые последовательности, полученные в результате in silico транскрипции и трансляции.
- Функции белков, найденные с помощью blast.