Spusteni analyzy
V ramci projektu byly vytvoreny 2 skripty. Prvni skript analyze.rb ziska a analyzuje molekuly z databaze PDB. Jako jediny parametr ocekava skript soubor s nazvy proteinu z PDB doplnene o retezec. Pro priklad uvedeme protein 1A06 a retezec A
1A06_A
bude pak v input.txt, ktery predame skriptu v parametru
./analyze.rb input.txt
Ke spusteni je nutne mit nainstalove Ruby minimalne verze 1.8.7 a mit v systemu balicek bio (BioRuby). Pro nainstalovani tohoto balicku staci spustit
gem install bio
Zpracovani a analyza
Prvne si skript zkusi stahnout soubory z PDB pokud existuji. Pote se prohlidne kazdy vlozeny protein a najdou se strukturni elementy zadane dle zadani na retezci zadanem ve vstupnim souboru. Pokud zadny neni zadan (napr 1A06_ nebo 1A06) tak se bere prvni dostupny (nejcasteji to je retezec A). Nakonec se udela prunik vysledku z jednotlivych nalezenych elementu.
Vystup
Vysledek se pak vypise na standardni vystup, ktery lze lehce presmerovat do souboru.
./analyze.rb input.txt > output.txt
Visualizace
Pro visualizaci je prilozen druhy skript a to visualize.py v jazyce Python. Jednoduse vezme prvni zkoumanou molekulu a v PyMol zobrazi spolecne nalezene elementy. Tento skript nacteme v PyMolu a spustime v nem definovanou funkci, kde jediny parametr obsahuje
run visualize.py
visualize("output.txt")
Výsledky analýzy
1A06
2A2A
