Sequence Alignment Tool 是一款双序列/多序列比对工具，使用 Rust 语言编写。
CLUSTAL 算法由 Feng 和 Doolittle 等人于 1987 年提出，是一个渐进比对算法. 其通过重复利用双序列比对算法构建向导树，通过从最紧密的两条序列开始，不断引入临近（相似）的序列进行比对并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入.
CLUSTAL 算法的时间复杂度较高，为
seqtool align --sequence-number 31 --fasta-path ./test.fasta --output-path ./result.sar--sequence-number, -n ，要比对的序列数量，当 n=2 时，使用 Needleman-Wunch 算法，当 n>2 时，使用 CLUSTAL 算法.
--match-score, -m，可选，配对成功的打分，默认值为 1.
--dismatch-score, -d，可选，错配打分，一般为小于 0 的整数，默认值为 -2.
--indel-score, -i，可选，缺失罚分，一般为小于 0 的整数，默认值为 -5.
--fasta-path, -f，输入的.fasta文件路径，该 fasta 文件应存放了所有待配对的序列，数目应与 --sequence-number 一致.
--output-path, -o，可选，输出的结果文件路径和名称，不填写时将自动输出至标准输出.
您可以自行获取代码并进行编译.
git clone https://github.com/bic-potato/SequenceAlignment请参照 Rust-lang 官方网站.
在源代码根目录下执行以下命令，编译完成后在 target/release文件夹下获取编译完成的二进制文件.
cargo build --release