rstudio_scrnaseq

scRNA-seq 解析 Rstudio server Docker の簡単な使い方

[1] `docker run` によるコンテナの起動

以下のコマンドを好きな場所で実行するだけでコンテナを起動することができる。
docker image がダウンロードされていない場合は、ダウンロードから実行される。
ダウンロードが正常に終了すると、コンテナが起動する。

Linux、WSL2、Intel Mac上でコンテナを起動して使用する場合

docker run --rm --name acctest -dit \
--mount type=bind,src=$PWD,dst=/home/rstudio \
-e USERID=$(id -u) \
-e GROUPID=$(id -g) \
-e PASSWORD="testpass" \
-p 8787:8787 \
hway/rstudio_scrnaseq

M1/M2 Mac上でコンテナを起動して使用する場合

docker run --rm --name acctest -dit \
--mount type=bind,src=$PWD,dst=/home/rstudio \
-e USERID=$(id -u) \
-e GROUPID=$(id -g) \
-e PASSWORD="testpass" \
-p 8787:8787 \
hway/rstudio_scrnaseq_arm64

`docker run` のオプションの説明とカスタマイズのヒント

--name acctest: acctestはコンテナの名前なので自分で名前を付ける
--mount type=bind,src=$PWD,dst=/home/rstudio: ホストとコンテナのどの部分を共有するかの設定このコマンドを実行したディレクトリ($PWD)以下がコンテナの/home/rstudio以下と同一視される
-e USERID=$(id -u): ホストとコンテナでのユーザを同一にする設定
-e GROUPID=$(id -g): ホストとコンテナでのユーザを同一にする設定
-e PASSWORD="testpass": "testpass" は任意なので自分でパスワードを設定する
-p 8787:8787: ポートの設定は自由に変更可能 (-p ホストのポート:コンテナのポート)
hway/rstudio_scrnaseq: 使用したい docker image を記載する (M1/M2 Mac上でコンテナを起動して使用する場合は、 hway/rstudio_scrnaseq_arm64 を指定する)

[2] scRNA-seq 解析 Rstudio server へのアクセス

エラーなくコンテナが起動したらウェブブラウザで以下にアクセスする。

ローカルPCでコンテナを起動した場合

http://localhost:8787/

docker run の際の -p オプションで、ホストのポートを8787以外に変えた場合は、上記URLの : 以降のポート番号を書き換えてください。

リモートサーバ等でコンテナを起動した場合

http://138.22.8.8:8787/

// と : の間の部分（上記の例だと138.22.8.8）は使用するサーバーのIPアドレスで置き換えてください。
docker run の際の -p オプションで、ホストのポートを8787以外に変えた場合は、上記URLの : 以降のポート番号を書き換えてください。

[3] scRNA-seq 解析 Rstudio server へのログイン

Rstudio server のログイン画面が表示される。
以下を入力しRstudio server にログインする。

username: rstudio
password: testpass # 上記の docker run コマンドを実行した場合

R studio が使える状態になりました。

その他の docker 操作

コンテナが起動状況を確認したい場合

docker ps -a

起動していれば、acctest UP と表示されるはず。

起動しているコンテナを削除したい場合

docker stop acctest      # 起動中のコンテナの停止

bioinfo-tsukuba/rstudio_scrnaseq