Criar uma função para usuário corrigir taxonomia das espécies
sync-by-unito opened this issue · 5 comments
Após a validação e correção taxonômica, será gerado um arquivo csv informado quais nomes foram resolvidos ou não. Nessa tabela, o usuário poderá fazer modificações nos nomes. Tais modificações serão incorporadas na base de dados antes de seguir para o próximo passo (limpeza geográfica).
A tabela liberada aos usuários pode conter os seguintes campos:
ID | Nome_verbatim | Name_verified | Resolved (T ou F)
ID = ID único criar por nós para identificar cada registro;
Nome_verbatim = Nome da espécie assim como estava na base de dados original
Name_verified = Nome validado segundo um base taxonômica
Resolved = Flag indicando se o nome foi resolvido (T) ou não (F).
@lucas-jardim, podemos criar essa função após a verificação taxonômica.
Ok, mas não preocupe com isso agora. Essa é a parte final do script de validação/padronização dos nomes. Nesse momento, é importante ver como podemos utilizar a função do taxisedb, como baixar as bases de dados de taxonômia (vi que há uma função para fazer isso para cada fonte) e como são os outputs.
@lucas-jardim, add uma primeira versão do script para padronizar a taxonomia (02_taxonomy). Dexei o gbif como padrão. Você pode testar com alguma outra base de dados e verificar se está funcionando bem?
Valeu! Sim, às 9 h