/labjournal

Laboratory journal of Emil

Primary LanguageHTML

Лабораторный журнал

Данные

Проекты

Архивные материалы

Инструменты

  1. MachineConfig: полуавтоматическая конфигурация биоинформационной машины
  2. Scissors: Пайплайн для обработки экзомных данных
  3. FastContext: Инструмент для контекстного анализа ридов

Активные задачи

Task Description Status Deadline
Баркодирование сайтов рестрикции Подумать - -
Бенчмарк Запустить тулзы у нас - -
Мензоров Посмотреть кмеры в транскриптомах человека - -
LNCAP Сравнить снипы наших и контрольных данных - -
Презентация Неинвазивный пренатальный скрининг - технология, необходимые материалы и т.д. В процессе -
Форма информированного согласия для обычного экзома, генома и Exo-С В процессе -
Написать в этический комитет - Ожидание -
Доклад Взять экзом и ехос данные, разделить их на те, которые попадают в капчу, и те, которые не попадают. Ожидание -
Анализ Процент мисматчей в дорожках А и B. Посмотреть, какого хуя там ещё какие-то последовательности. Ожидание -
Анализ FR600+Illumina (если >5000 ридов с адаптером - сливаем с FR600 и смотрим) Ожидание -
Доработка Scissors Добавить пол, а также warning по покрытию Y-хромосомы Ожидание -

Учёба

Предмет Отчётность ФИО препода Контакты Долги
Акушерство и гинекология Зачет Наталья Михайловна Пасман (лекции), Опарина Марина Петровна +79139190707 Дударева Алла Витальевна +79139227408 (семинар)
Госпитальная терапия Зачет Воротников Иван Борисович +79139029927, Летягина Елена Алексеевна +79139874558, Омельченко Виталий Олегович +7 952 916-97-49
Госпитальная хирургия Зачет Вернер
Инфекционные болезни, эпидемиология Зачет
Клеточные технологии в лечении заболеваний Зачет тест, отправить на makar@niimbb.ru (5 мая 2021)
Нейроэндокринология Дифференцированный зачет
Неотложные состояния, симуляционный курс Экзамен Кочетков Евгений Станиславович +79137190483
Общественное здоровье и здравоохранение, экономика здравоохранения Дифференцированный зачет Майер Екатерина Олеговна +79139004449
Основы гемостаза и биохимические аспекты клинической гемостазиологии Дифференцированный зачет
Виктор Геннадьевич Стуров sturov@mail.ru Реферат клиническая биохимия "Акушерские кровотечения: современные аспекты патогенеза, диагностика, Тактика ведения пациенток в аспекте клинических современных рекомендаций" (до 21 мая 2021, скинуть на диск)
Подготовка к защите и защита выпускной квалификационной работы Экзамен
Подготовка к сдаче и сдача государственного экзамена Экзамен
Поликлиническая терапия Дифференцированный зачет Чугуров Александр Степанович +79137866242, Солдатова Галина Сергеевна +79139117164, Бочкова Юлия Валерьевна +7 913 717-41-96
Производственная практика, научно-исследовательская практика Экзамен
Профессиональные болезни Зачет Долгова Нина Анатолеьвна +79139466299
Роль опухолевого микроокружения в канцерогенезе Зачет
Травматология, ортопедия Зачет Сорокин Артем Николаевич +79133827474

Завершенные задачи

Tl;dr

[10/02/2021, 20:01:40]: Описания пациентов собрал в табличку, FastQ отдал ребятам из Сбера [12/02/2021, 20:28:35]: Сделал HiC-карты для статьи [12/02/2021, 20:29:25]: Настроил почту [17/02/2021, 19:34:00]: Правки к статье готовы [19/02/2021, 12:36:40]: Оформил всё к курсовой [19/02/2021, 17:01:45]: Посчитал обогащение Exo-C-библиотеки (демультиплекс Алины) [05/03/2021, 13:52:47]: Проанализировал микрочипы из Томска [10/03/2021, 12:13:56]: Добавил аннотацию к микрочипам [10/03/2021, 19:05:46]: Посчитал обогащение к получившимся образцам Exo-C [16/03/2021, 18:54:43]: Прикрутил к пайплайну region-based аннотацию и проблемные регионы [16/03/2021, 18:55:44]: Отправил данные двух братьев [17/03/2021, 15:48:08]: Посчитал статики для диплома [17/03/2021, 23:13:46]: Пересек контроль для диплома с экзомом и удивился [17/03/2021, 23:14:09]: Валидировал варианты Exo-C библиотек [19/03/2021, 17:21:37]: Сделал Динаре мутации [22/03/2021, 14:53:28]: Сбер, сделал VCF аннотиванные анноваром [26/03/2021, 21:25:15]: Сделал поздравлялочку по email [31/03/2021, 13:44:48]: ROC-кривая для диплома [19/04/2021, 15:13:25]: Сделал общую табличку