/movebank-pgsql

Scripts to import movebank data into PostgreSQL and build statistics

Primary LanguagePLpgSQLGNU General Public License v3.0GPL-3.0

Récupération des données Movebank

On peut voir l'aide sur le Github: https://github.com/movebank

Quelques exemples de requêtes

On récupère la donnée et on l'enregistre dans un fichier movebank.json, par exemple via wget

cd /le/bon/repertoire
wget "https://www.movebank.org/movebank/service/public/json?study_id=10857031&max_events_per_individual=10000&sensor_type=gps" -O movebank.json

Création de la base de données PostgreSQL

On peut le faire à la main, ou via ligne de commande. La base s'appelle dans l'exemple movebank. Dans la suite, on considère que l'utilisateur PostgreSQL qui lance les requêtes est un utilisateur avec des droits élevés (superadmin). Il faut activer l'extension PostGIS sur la base de données.

Par exemple, en ligne de commande sur un serveur Debian (commandes à lancer par exemple en tant que root)

su -u postgres
createdb movebank
psql -d movebank -c 'CREATE EXTENSION postgis'
psql -d movebank -c 'CREATE SCHEMA IF NOT EXISTS movebank';

On doit ensuite lancer le fichier SQL movebank_structure.sql pour créer les tables, les fonctions qui permettent d'exploiter les données brutes.

Vous pouvez l'ouvrir et le lancer à la main (via pgAdmin par exemple), ou en ligne de commande (il faut alors adapter le chemin du fichier)

psql -d movebank -f movebank_structure.sql

Importer les données dans la base

On utilise le script Python import_movebank.py. Vu qu'il n'est pas encore paramétrable, il faut l'ouvrir avec un éditeur de texte et modifier certaines variables.

Puis le lancer, en se plaçant au préalable dans le répertoire qui contient le fichier movebank.json

cd /le/bon/repertoire
python import_movebank.py