- Python 3.8 (Recomendado)
- Se necesita tener instalado los paquetes: numpy, matplotlib y biopython.
- En el folder ./src se encuentran los fuentes de la entrega.
- En el folder "./resources" se deben agregar los archivos con extension fasta y score-matrix para ser leidos correctamente.
- En el file "./src/main.py" se puede modificar el nombre del archivo deseado para leer el score-matrix en la variable "score_matrix_file", el fasta con la variable "fasta_file" y el score del gap con la variable "gap_penalty".
- En el file "./src/main.py" se puede modificar la variable "have_run_tests" con un booleano para decidir si correr o no los tests creados.
- En ./resources/NUC.4.2 se configura el score matrix que esta configurada por defecto.
- En ./resources/10.fasta se configura el fasta que esta configurada por defecto.
- Para ejecutar el programa, ejecutar el siguiente comando (asumiendo que ya estamos en el root folder del repo):
python3 ./src/main.py
- Si aparece el gráfico en una ventana emergente, habrá que cerrarla para que finalice el programa correctamente.
- En el folder "./output" se va a imprimir el output del main, los cuales son el gráfico (.png) y el alineamiento resultante (.txt).
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GRASP output chart:
