OLGenie_bootstrap.R error

Question

OLGenie_bootstrap.R error

bio-unach opened this issue 2 years ago · 4 comments

bio-unach commented 2 years ago

Hello guys.

Thank you for OLGenie, great tool.

I have this error and I really don't understand what happens.

When I ran:

Rscript OLGenie_bootstrap.R Cluster_0_codon_results.txt 6 10000 37 > Cluster_0_codon_p_value_results.out

It says:

Error in sum(as.vector(codon_results[, paste0(numerator, "_diffs")]), :
invalid 'type' (list) of argument
Calls: dNdS_diff_boot_fun
Execution halted

I think that could be related with some library. I appreciate you help.

Best regards.

Answer 1 · 2022-12-01T05:32:35.000Z

Thanks very much for the message, UNACH!

Sorry for this error — it appears to be backwards-incompatibility with R version 4.2 versus <= 4.1. Are you indeed using R 4.2? At any rate, would you mind attaching an example input file so I can debug/rewrite the script?

With gratitude,
Chase

Answer 2 · 2022-12-01T11:20:49.000Z

You are very welcome. Thank you for your fast answer. Yes, I am using R 4.2.2. Please find attached the input file. Best regards. El jue, 1 dic 2022 a la(s) 02:32, Chase W. Nelson 倪誠志 ( ***@***.***) escribió:

…

Thanks very much for the message, UNACH! Sorry for this error — it appears to be backwards-incompatibility with R version 4.2 versus <= 4.1. Are you indeed using R 4.2? At any rate, would you mind attaching an example input file so I can debug/rewrite the script? With gratitude, Chase — Reply to this email directly, view it on GitHub <#3 (comment)>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AIV2NFNP46AKVO2K7HP5MLLWLAZ75ANCNFSM6AAAAAASQCXLJY> . You are receiving this because you authored the thread.Message ID: ***@***.***>

-- Oscar https://www.researchgate.net/profile/Oscar_Salgado https://bdiezlab.com/ file sequences frame codon_num ref_codon_maj alt_codon1_maj alt_codon2_maj num_defined_seqs multiple_variants NN_sites SN_sites NS_sites SS_sites NN_diffs SN_diffs NS_diffs SS_diffs Cluster_0.olgalg all sas12 2 CTC AGC TCG 9 FALSE 2 0 0 1 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 3 GAA TCG AAT 9 FALSE 2.66666666666667 0 0 0.333333333333333 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 4 TTT AAT AGA 9 FALSE 2.66666666666667 0 0 0.333333333333333 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 5 CTG AGA TTC 9 FALSE 1.31481481481481 0.851851851851852 0.5 0.333333333333333 0 0.555555555555556 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 6 AAG TTC TTC 9 FALSE 2.18181818181818 0 0.484848484848485 0.333333333333333 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 7 AAG TTC AAC 11 FALSE 2.66666666666667 0 0 0.333333333333333 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 8 TTC AAC GTG 11 FALSE 2 0 0.666666666666667 0.333333333333333 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 9 ACC GTG ACG 11 FALSE 2 0 0 1 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 10 GTC ACG TAG 11 FALSE 2 0 0 0 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 11 TAC TAG GGG 11 FALSE 0 0 0 1 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 12 CCG GGG ATC 11 FALSE 2 0.333333333333333 0 0.666666666666667 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 13 ATC ATC TCG 11 FALSE 2 0 0.333333333333333 0.666666666666667 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 14 GAG TCG TCC 11 FALSE 2 0 0.666666666666667 0.333333333333333 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 15 GAC TCC TTG 11 FALSE 2.66666666666667 0 0 0.333333333333333 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 16 AAC TTG GGG 11 FALSE 1.66666666666667 0 1 0.333333333333333 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 17 CCG GGG TTC 11 FALSE 2 0.666666666666667 0 0.333333333333333 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 18 AAG TTC ATC 11 FALSE 2.33333333333333 0 0.333333333333333 0.333333333333333 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 19 ATG ATC GCC 11 FALSE 2 0 1 0 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 20 GCG GCC GCC 11 FALSE 2 0 0 1 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 21 GCG GCC AAC 11 FALSE 2 0.666666666666667 0 0.333333333333333 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 22 TTC AAC TAG 11 FALSE 2 0 0 0 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 23 TAC TAG GCG 11 FALSE 0 0 0 1 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 24 GCC GCG AAG 11 FALSE 2 0.666666666666667 0 0.333333333333333 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 25 TTC AAG ATG 11 FALSE 2.66666666666667 0.333333333333333 0 0 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 26 ATT ATG AGA 11 FALSE 2.33333333333333 0.333333333333333 0 0.333333333333333 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 27 CTC AGA CCG 11 FALSE 1.5 0 0.5 1 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 28 GGG CCG GCC 11 FALSE 2 0 0 1 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 29 GCG GCC ATC 11 FALSE 2 0.333333333333333 0 0.666666666666667 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 30 ATC ATC GTG 11 FALSE 2 0 0.333333333333333 0.666666666666667 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 31 ACC GTG TCG 11 FALSE 2 0 0 1 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 32 GAT TCG CGA 11 FALSE 2 0 0.666666666666667 0.333333333333333 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 33 CGG CGA AAC 11 FALSE 1.16666666666667 1 0.5 0.333333333333333 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 34 TTC AAC CCG 11 FALSE 2 0 0.666666666666667 0.333333333333333 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 35 GGA CCG CAT 11 FALSE 2 0.666666666666667 0 0.333333333333333 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 36 TGG CAT GAC 11 FALSE 3 0 0 0 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 37 TCT GAC GCA 11 FALSE 2 0 0 1 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 38 GCG GCA GCC 11 FALSE 2 0 0 1 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 39 GCT GCC TGA 11 FALSE 2 0 0 0 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 40 CAA TGA AAT 11 FALSE 0.666666666666667 0 0 0.333333333333333 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 41 TTC AAT AGG 11 FALSE 2.66666666666667 0 0 0.333333333333333 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 42 CTG AGG AAC 11 FALSE 1.33333333333333 1 0.333333333333333 0.333333333333333 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 43 TTG AAC CCC 11 FALSE 1.66666666666667 0.333333333333333 0.666666666666667 0.333333333333333 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 44 GGG CCC AAC 11 FALSE 2 0.666666666666667 0 0.333333333333333 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 45 TTT AAC AGA 11 FALSE 2.66666666666667 0 0 0.333333333333333 0 0 0 0 Cluster_0.olgalg all sas12 46 CTC AGA GAG 11 FALSE 1.5 0.666666666666667 0.5 0.333333333333333 0 0 0 0

Answer 3 · 2022-12-02T04:17:49.000Z

Greetings, Oscar!

I have updated the bootstrapping script for R version 4.2. I have tested it line-by-line; however, I am holding off on updating my command line R to 4.2, so I have not had a chance to make sure it works at the command line. Would you mind downloading the new version, giving it a try at the command line, and letting me know?

Many thanks!
Chase

Answer 4 · 2022-12-02T13:52:54.000Z

Dear Chase, thank you. I tried it and it worked perfectly. Find attached the output. Thank you very much for your quick response. Have a nice weekend. Oscar El vie, 2 dic 2022 a la(s) 01:18, Chase W. Nelson 倪誠志 ( ***@***.***) escribió:

…

Greetings, Oscar! I have updated the bootstrapping script for R version 4.2. I have tested it line-by-line; however, I am holding off on updating my command line R to 4.2, so I have not had a chance to make sure it works at the command line. Would you mind downloading the new version, giving it a try at the command line, and letting me know? Many thanks! Chase — Reply to this email directly, view it on GitHub <#3 (comment)>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AIV2NFJBA7UIDMJ32ENU3WDWLFZ7RANCNFSM6AAAAAASQCXLJY> . You are receiving this because you authored the thread.Message ID: ***@***.***>

-- Oscar https://www.researchgate.net/profile/Oscar_Salgado https://bdiezlab.com/