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Análisis con datos de COVID19

Primary LanguageJupyter NotebookMIT LicenseMIT

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Análisis COVID19

Algunos scripts para generar gráficas y análisis relacionadas con el covid

Los scripts se encargan de descargar los datos directos.

Los datos Mexicanos se encuentran aquí: https://www.gob.mx/salud/documentos/datos-abiertos-152127

Los datos Internacionales se encuentran aquí: https://github.com/Laeyoung/COVID-19-API

Hasta ahora van 6 scripts:

  • datos_historicos - permite descargar los datos mexicanos por caso, actuales e históricos.

  • reporte_diario - permite obtener los datos del reporte diario a partir de los datos históricos que se han reportado hasta la fecha y hacer algunas gráficas básicas, por fecha de reporte y por fecha de sintomas.

Gráfica del reporte diario

  • plots_internacional - permite descargar y graficar datos internacionales. Los datos se descargan desde la API de Johns Hopkins. Permite generar gráficas de casos confirmados, decesos y casos activos como la siguiente para cualquier país o región en la base de datos:

Gráfica internacional

  • modelos - permite explorar algunos modelos sencillos para entender cuestiones de crecimiento y como se ven afectados dichos crecimientos por los parámetros que controlan la velocidad del proceso. Explora crecimiento lineal, crecimiento exponencial, crecimiento logístico, modelos tipo SIR y al final tiene el modelo que está usando CDMX

Gráfica modelo SIR

  • modelo_CDMX - implementación del modelo de CDMX para COVID19 y algunas funciones para ajustar el modelo a datos. El script permite ajustar el mismo modelo a cualquier Zona Metropolitana del país. Además cuenta con la posibilidad de ajustar el modelo a diferentes intervenciones en el tiempo o a intervenciones dadas por una función que depende del tiempo

Ajuste a los datos de CDMX

Ajuste a los datos de CDMX

  • historias - permite procesar los datos historicos para obtener algunas fechas estimadas relacionadas con la historia de cada paciente en la base de datos. El código permite graficar la historia de cualquier paciente en la base de datos:

Gráfica de la historia de un paciente

Organizacón del proyecto

.
├── AUTORES.md
├── LICENSE
├── README.md
├── datos
│   ├── brutos          <- Datos originales, ***inmutables***.
│   ├── externos        <- Datos de fuentes de terceros.
│   ├── interinos       <- Datos intermedios que han sido transformados.
│   └── procesados      <- Datos finales, listos para tus modelos/visualizaciones.
├── docs                <- Documentación. Por ejemplo, artículos científicos, periodísticos, etc. (ignorado por git)
├── notebooks           <- Jupyter/Rmarkdown notebooks
├── reportes            <- Para cualquier reporte/informe del proyecto y/o el manusctrito final.
│   └── figuras         <- Figuras para el manuscrito o informes.
└── src                 <- Código fuente para este proyecto.
    ├── datos           <- Scripts y programas para procesar datos.
    ├── externos        <- Cualquier código fuente externo, por ejemplo, extraer otros proyectos de git o bibliotecas externas
    ├── herramientas    <- Cualquier script de ayuda entra aquí.
    ├── modelos         <- Código fuente para tu propio modelo.
    └── visualizaciones <- Scripts para la visualización de sus resultados, por ejemplo, matplotlib, ggplot2, bokeh, altair.

Creado con cookiecutter y la plantilla de @tacosdedatos

TODO

  1. Cron Job que actualice el ReadME (puede ser con Rmarkdown)
  2. Mover github action a repositorio de datos
  3. action que ejecute todos los notebooks con los datos del dia
  • tal vez nomas tomar las historias de pacientes del dia de kaggle