Report issue: ✖ object 'C222T' not found ?

[cmkobel]

stderr output from running b3_report on batch 210223:

Quitting from lines 162-201 (seq_report.Rmd) 
Error: Problem with `mutate()` input `missing_vector`.
✖ object 'C222T' not found
ℹ Input `missing_vector` is `map(...)`.
Backtrace:
     █
  1. ├─(function (file, local = FALSE, echo = verbose, print.eval = echo, ...
  2. │ ├─base::withVisible(eval(ei, envir))
  3. │ └─base::eval(ei, envir)
  4. │   └─base::eval(ei, envir)
  5. ├─base::sapply(opt$FILES, renderArg) /usr/local/bin/render.r:44:0
  6. │ └─base::lapply(X = X, FUN = FUN, ...)
  7. │   └─global::FUN(X[[i]], ...)
  8. │     ├─rmarkdown::render(p) /usr/local/bin/render.r:36:4
  9. │     │ └─knitr::knit(knit_input, knit_output, envir = envir, quiet = quiet)
 10. │     │   └─knitr:::process_file(text, output)
 11. │     │     ├─base::withCallingHandlers(...)
 12. │     │     ├─knitr:::process_group(group)
 13. │     │     └─knitr:::process_group.block(group)
 14. │     │       └─knitr:::call_block(x)
 15. │     │         └─knitr:::block_exec(params)
 16. │     │           ├─knitr:::in_dir(...)
 17. │     │           └─knitr:::evaluate(...)
 18. │     │             └─evaluate::evaluate(...)
 19. │     │               └─evaluate:::evaluate_call(...)
 20. │     │                 ├─evaluate:::timing_fn(...)
 21. │     │                 ├─base:::handle(...)
 22. │     │                 ├─base::withCallingHandlers(...)
 23. │     │                 ├─base::withVisible(eval(expr, envir, enclos))
 24. │     │                 └─base::eval(expr, envir, enclos)
 25. │     │                   └─base::eval(expr, envir, enclos)
 26. │     └─`%>%`(...)
 27. ├─dplyr::filter(., as.integer(totalMissing) < 3000, date > lubridate::ymd("2020-12-01"))
 28. ├─dplyr::mutate(...)
 29. ├─dplyr:::mutate.data.frame(...)
 30. │ └─dplyr:::mutate_cols(.data, ...)
 31. │   ├─base::withCallingHandlers(...)
 32. │   └─mask$eval_all_mutate(dots[[i]])
 33. ├─purrr::map(...)
 34. │ └─.f(.x[[i]], ...)
 35. │   └─base::eval(parse(text = paste("c(", gsub("\\-", ":", .x), ")")))
 36. │     └─base::eval(parse(text = paste("c(", gsub("\\-", ":", .x), ")")))
 37. └─base::.handleSimpleError(...)
 38.   └─dplyr:::h(simpleError(msg, call))
Warning message:
In grSoftVersion() :
  unable to load shared object '/usr/local/lib/R/modules//R_X11.so':
  libXt.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory

[cmkobel]

Genkørte batch 210119 og problemet løste sig selv ??

Der skal tydeligvis være mere input/output validering i de forskellige targets, navnligt for nextclade.