云南省9370种植物果实类型的系统发育保守性分析

本项目是对发表在《ecology》上的文章「Phylogenetic conservatism explains why plants are more likely to produce fleshy fruits in the tropics」的结果的复现。

本文的问题主要是探讨植物的果实类型（干果或者鲜果）是什么因素决定的，或者说是各个都可能的因子的相对的贡献。目前有着多种因子可能对其影响，例如温度、气候、生活型等，但鲜有研究考虑系统发育在其中的贡献。

这里面有三个包在默认的CRAN中并没有，需要从GitHub上安装：

devtools::install_github("arives/rr2")
devtools::install_github("daijiang/phyr")
devtools::install_github("lamho86/phylolm")

项目结构

根目录是主要的代码；
data目录是来源数据，本项目中使用的数据与原始数据略微不同，体现在原始数据中已经进行了名义数据的One-Hot编码，而本项目没有；
result目录下是生成的结果，以及部分中间文件。

主要内容

描述性分析

这篇文章首先对这9370种云南的植物物种进行了一个描述性的统计分析，包括果实类型在各个因子中的分布情况。并对各个因子之间的相关性进行了分析。这些分析请参考summary_analysis.R脚本。

系统发育分析

第二块内容则是进行系统发育分析，系统发育分析依赖于系统树的构建。在维管植物中，有一个非常方便的包V.PhyloMaker2，涵盖了绝大多数已知的维管植物，可以直接构建带有时间年份的系统树，我们用它构建自己的数据子集即可，该包的使用方法参见https://github.com/jinyizju/V.PhyloMaker2。

原文中的附件直接附带了系统发育树的文件，但是我重新构建后的树和原本地树有非常大的差异，猜测是由于版本更新带来的影响，推荐还是使用原文附件中现成的系统树文件。

直接生成的系统树在可视化上并不美观，还需要结合性状等数据进行映射。

系统树的解释主要有两种方式，一种是直接看系统树的分支，如果分支上的物种都是同一种果实类型，那么就是保守性状，否则就是不保守，当然更直接的方式是看系统发育信号，详细方法参考phylo_analyses.R脚本。这里面在使用phyloglm()等函数进行分析的时候，需要把名义变量转换为0/1数据，记得数据格式的转换。需要注意的是，原文中的 $\alpha$ 的值是把树文件进行了标准化后的值（即树的枝长缩放到0-1的范围内），因此在值上有会一定程度的差异，但是整体上比较是没有问题的，就我自己的看法，做系统发育信号的时候不标准化枝长也完全没有问题。

如果在进行系统发育信号计算时，遇到的性状是连续的，那么可以使用phylolm()函数进行计算，这个函数的使用方法参考phylolm.R脚本。

多性状的权重贡献分析