Repositório com código para limpeza e processamento de dados do SI-PNI disponibilizados no OPENDATASUS
Os dados processados com este código são atualizados semanalmente no repositório https://github.com/covid19br/dados-vacinas
O script para download, limpeza e processamento dos dados é executado em Bash script. Para executá-lo, utilize ./roda_base.sh
Este script realiza o download dos dados disponibilizados em: https://opendatasus.saude.gov.br/dataset/covid-19-vacinacao
Após o downlaod, é feita a seleção apenas das colunas de interesse. A base de SP tem suas linhas ordenadas de acordo com o campo id_descricao, e então dividido em 4 arquivos que serão processados separadamente.
O código para a primeira parte de processamento de dados está presente no script vaccine_functions.R
O código para calculo das coberturas de doses por estado por classificação presente no SI-PNI está presente no script calculo_cobertura_por_estado.R
O código para cálculo das coberturas de doses por estado por ordem de aplicação por ID está presente no script calcular_ordem_por_estado.R
Para reproduzir o código, mantenha a mesma estrutura de pastas deste repositório ( "dados/", "figuras/" e "output/", e seus subdiretórios)
No caso de dúvidas, entre em contato: Marcelo Eduardo Borges (meborges.b [at] gmail [dot] com)
OBSERVATÓRIO COVID-19 BR
https://covid19br.github.io/
Última atualização: 27 de julho de 2022
- Alterações no código para corrigir o modo de contagem de doses de reforço. Antes da correção, muitos registros duplicados de doses de reforço eram excluídos, pois o código considerava duplicação de registro ("R"). Com as novas mudanças, mesmo que um mesmo id possua mais de uma dose com a mesma descrição de dose, cada dose será contabilizada como uma dose diferente.