/bioconvert

Bioconvert is a collaborative project to facilitate the interconversion of life science data from one format to another.

Primary LanguagePythonGNU General Public License v3.0GPL-3.0

Bioconvert

Bioconvert 是一个协作项目,旨在促进生命科学里的数据从一种格式到另一种格式的相互转换。

https://secure.travis-ci.org/bioconvert/bioconvert.png https://coveralls.io/repos/github/bioconvert/bioconvert/badge.svg?branch=master Documentation Status
contributions:Want to add a convertor ? Please join bioconvert#1
issues:Please use https://github.com/bioconvert/bioconvert/issues

安装

可以使用 pip 安装bioconvert:

pip install bioconvert

同时,原作者提供了在bioconda (http://bioconda.github.io/)上的发行版:

conda install bioconvert

同时在Singularity container上同样可用。参考以下链接 http://bioconvert.readthedocs.io/en/master/user_guide.html#installation 以了解更多。

使用

bioconvert fastq2fasta input.fastq output.fasta
bioconvert gz2dsrc input.fq.gz output.dsrc2
bioconvert bam2bed input.bam output.bed
bioconvert --help

可用转换器

https://raw.githubusercontent.com/bioconvert/bioconvert/master/doc/conversion.png