7 al 9 de Agosto, 2023
09h00 a 18h00
Presencial Campus Cumbaya - Universidad San Francisco de Quito USFQ
El taller es 100% práctico por lo que los participantes deben contar con una laptop con mínimo 8Gb de RAM (16Gb preferible)
Conocimientos básicos de R y RStudio
El taller tiene como objetivo que los participantes puedan desarrollar sus propios scripts de R para análisis de secuenciamiento de amplicones usando tecnología Illumina. Los participantes desarrollarán una visión crítica para entender los diferentes parámetros que se pueden modificar al momento de construir exact amplicon sequence variant ASV y puedan adaptarlos a sus propios sets de datos. Además, se discutirán conceptos de ecología microbiana que se usan para el estudio de microbiomas asociados a plantas y suelos, con el fin de facilitar la interpretación de resultados y el diseño de experimentos. Al final del curso, se espera que los participantes sean capaces de analizar set de datos de manera independiente y adaptar el formato de los resultados para que puedan aplicarlos en diferentes pipelines de análisis posteriores según sean sus necesidades y preguntas de investigación.
- Secuenciamiento Illumina y aplicación en ecología microbiana
- Revisión de comandos básicos de R para uso de paquetes bioinformáticos
- Construcción de exact amplicon sequence variant ASV usando DADA2
- Análisis básicos de diversidad alfa y beta
- Visualizacion de la composición filogenética
- Análisis de abundancia diferencial
Dario X. Ramirez-Villacis Ph.D.(c)
Plant-Microbe Interactions Group, Utrecht University
Microbial Ecology Department, Netherlands Institute of Ecology NIOO-KNAW
https://orcid.org/0000-0002-2739-2636
220USD por participante
Comunidad USFQ o Alumni: 10% de descuento
Incluye coffee breaks, almuerzos y certificado
Capacidad maxima 15 participantes
Noelia Barriga
labbioagricola@usfq.edu.ec
098 793 3749
