- doParallel
- lubridate
- tidyverse
- readxl
Para determinar la cantidad de contactos diarios y la matriz de
contactos entre edades utilizaremos el sript
Bases_de_datos/Matriz_de_Contacto_Edades.R, utilizamos la base de
datos de Prem, Cook, and Jit (2017) como base recalculando para los
grupos de edad que usamos (0-25, 25-65 y 65+), las bases de datos
necesarias para la estimación de estos resultados son
Bases_de_datos/Cantidad-de-Personas-por-Sexo-y-Edad.xlsx y
Bases_de_datos/contact_matrices_152_countries/MUestimates_all_locations_1.xlsx.
El primer resultado, que encontramos en las lineas 31-37 del código y
guardadas en Bases_de_datos/Contactos.rds nos dice que para los grupos
antes establecidos en número de contactos diarios promedio es de 18.44,
14.3, 1.91 por persona respectivamente.
La matriz de probabilidad de contacto entre grupos etareos aparece en la
linea 64, y esta guardada como Bases_de_datos/Age_Matrix.rds. donde en
cada fila, se ve la probabilidad de que el grupo en cuestion este en
contacto con el de cada columna:
| Age_0_25 | Age_25_65 | Age_65_ | |
|---|---|---|---|
| Age_0_25 | 0.57 | 0.37 | 0.06 |
| Age_25_65 | 0.25 | 0.67 | 0.08 |
| Age_65_ | 0.18 | 0.37 | 0.45 |
Para esto hay dos scripts generados, uno que permite generar un estado
inicial y matriz de probabilidad de viajes entre todas las comunas de
Chile Bases_de_datos/Probabilidad_Viaje_Comunas.R, y otro que lo hace
para alguna región particular de Chile
Bases_de_datos/Probabilidad_Viaje_Comunas_por_Region.R. Para ambos
scripts es necesario utilzar las bases de datos
Bases_de_datos/Viajes_comunas.rds(para los viajes intercomunales),
Bases_de_datos/Cantidad-de-Personas-por-Sexo-y-Edad.xlsx (Para los
grupos de edad y poblacion por comunas) y Bases_de_datos/Pais.rds
(Para tener los Infectados, Acumulados y recuperados), esta última base
de datos puede ser actualizada con las primeras 17 lineas del código.
La bases de datos de Chile para el estado inicial de cada fecha se
guardará en Bases_de_datos/Datos_Chile/df_out_2020-04-13.rds con la
fecha, las Probabilidades
Bases_de_datos/Datos_Chile/Probs_2020-04-13.rds
Para las Regiones el estado incial de cada Fecha se guardara en una carpeta de datos de la comuna respectiva.
Existe un tercer script Cada_Region.R, ese script contiene un loop que
actualiza todas las regiones.
Los scripts y funciones necesarias para generar los modelos se
encuentran en la base de datos Modelos, se recomienda testear con un
modelo para una sola región, ya que modelos para todo el país pueden ser
en extremo lentos.
El script Modelos/Modelo.R es el que corre las simulaciones, usando
las bases de datos que encontramos en Funcion.r
Dentro de la carpeta difusión se encuentran distintos porductos generados a partír de los resultados de este modelo
Prem, Kiesha, Alex R Cook, and Mark Jit. 2017. “Projecting Social Contact Matrices in 152 Countries Using Contact Surveys and Demographic Data.” PLoS Computational Biology 13 (9). Public Library of Science: e1005697.