Los shapefiles están disponibles en el archivo chile_census_2017_shapefiles.tar.gz (960MB).
Si quieres descargar el repo y utilizar los shapefiles, primero debes descomprimirlos con el siguiente comando
find . -name "*.gz" | xargs gunzip
Disclaimer: este repo no es una fuente oficial sobre la división geopolítica de Chile.
Cartografía Chile Censo 2017
Instituto Nacional de Estadísticas, Chile