Ссылки на первую и вторую часть дз:
https://colab.research.google.com/drive/1kxUDfJm7ev9lCCWModYWixFcRTg7X1PP?usp=sharing https://colab.research.google.com/drive/1tOjZ_7_mUbpHUPe1LuW2z-FwuwbNsai6?usp=sharing
Теперь к статистике из multiqc:
Как можно видеть, слегка аномальным является GC-баланс у половины образцов, а также достаточно аномальным является количество дупликаций.
Таблица с результатами эксперимента
| ID образца | Тип образца | Общее кол-во исходных чтений | Не откартированы | Откартированы уникально | Откартированы неуникально | Откартированы | _no_feature | __ambiguous | Попали на гены |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| SRR3414629 | Контрольный | 21106089 | 595976 | 18375888 | 2134225 | 20510113 | 1604107 | 722172 | 16049609 |
| SRR3414630 | Контрольный | 15244711 | 412031 | 13186139 | 1646541 | 14832680 | 1240295 | 480520 | 11465324 |
| SRR3414631 | Контрольный | 24244069 | 696383 | 20928945 | 2618741 | 23547686 | 1700354 | 819740 | 18408851 |
| SRR3414635 | Перепрограммированный | 20956475 | 560610 | 18428317 | 1967548 | 20395865 | 1392186 | 760134 | 16275997 |
| SRR3414636 | Перепрограммированный | 20307147 | 550088 | 17825380 | 1931679 | 19757059 | 1332692 | 735108 | 15757580 |
| SRR3414637 | Перепрограммированный | 20385570 | 538279 | 17844858 | 2618741 | 20463599 | 1397650 | 710230 | 15736978 |
MA-plot:
Heatmap:
Графики для генов, наиболее поменявших экспрессиюё
