/alignmentfreeTP1

M. Sc. graduate course on phylogeny and algorithmics on sequences (part 1 of 2)

Primary LanguagePython

Alignment free - TP 1

L'objectif du TP est de comparer 5 especes de bactéries entre elles. Vous trouverez les données en suivant ce lien

Composer le TP

Vous devez forker ce projet puis compléter ses fonctions. Le rendu sera le dépot git dans lequel vous aurrez forké.

Le but est d'obtenir toutes les distances paire à paire des différentes bactéries. Vous pouvez modifier l'affichage final pour obtenir une matrice d'adjacence si vous les souhaitez.

En observant les distances obtenues, que pouvez-vous dire des espèces présentes dans cet échantillon ?