python packages for HPC
incropenmm/MDCond.py .inpファイルを読み込んでmdrunを行うメソッドが書かれたスクリプト。
incropenmm/xtcreporter.py 結果をxtcファイル形式で書き出すスクリプト。
incropenmm/mdrun.py 実際にmdrunを行うスクリプト。
sample_PE/ Polyethylene(PE)単成分系でincrOpenMM計算を行うインプットファイル群が置かれている。
使い方：
incropenmm/ディレクトリをクローン
PYTHONPATHにincropenmm/ディレクトリを追加
.inpファイルを作成、各種パラメータ設定を行う
incropenmm/mdrun.pyが使用例スクリプト。
incrOpenMMでrefs系のermod計算を行うための修正ermodのプログラム置き場。
OpenMMおよびincrOpenMMのマニュアル。
鎖長N=100のPolyethylene(PE)単成分系の計算サンプルディレクトリ。
鎖長N=100のPolyethylene(PE)とPolyvinylidenedifluoide(PVDF)二成分系の計算サンプル。