[read_geno] cannot read GZip GENO file
katcatalano opened this issue · 2 comments
katcatalano commented
I am trying to run ngsLD with the GL output from the following angsd command
angsd -bam /local/home/katrinac/ClownfishGWAS/data/APPC_sequencing/DNA/trimmed_reads/mapping/genotypes/bamlist.list -GL 1 -doGeno 16 -doMajorMinor 1 -doMaf 1 -doCounts 1 -doPost 1 -minQ 20 -minMapQ 20 -SNP_pval 1e-6 -minInd 16 -minMAF 0.01 -doHWE 1 -minHWEpval 0.05 -setMaxDepth 115 -doGlf 2 -nThreads 40 -out ~/ClownfishGWAS/data/APPC_sequencing/DNA/trimmed_reads/mapping/genotypes/angsd/appc_angsd_probs
Then got the following with ngsLD- I looked through previous issues and saw to use --probs with output from -doGlf 2
/local/home/katrinac/ngsLD/ngsLD --geno /data/katrinac/APPC_sequencing/DNA/trimmed_reads/mapping/genotypes/angsd/appc_angsd_probs.beagle.gz --probs --n_ind 159 --n_threads 40 --n_sites 6295181 --pos /data/katrinac/APPC_sequencing/DNA/trimmed_reads/mapping/genotypes/angsd/appc_angsd_pos.txt --outH /data/katrinac/APPC_sequencing/DNA/trimmed_reads/mapping/genotypes/angsd/ngsld/appc_ngsLD.tsv
==> Input Arguments:
geno: /data/katrinac/APPC_sequencing/DNA/trimmed_reads/mapping/genotypes/angsd/appc_angsd_probs.beagle.gz
probs: true
log_scale: false
n_ind: 159
n_sites: 6295181
pos: /data/katrinac/APPC_sequencing/DNA/trimmed_reads/mapping/genotypes/angsd/appc_angsd_pos.txt (WITHOUT header)
max_kb_dist (kb): 100
max_snp_dist: 0
min_maf: 0.001000
ignore_miss_data: false
call_geno: false
N_thresh: 0.000000
call_thresh: 0.000000
rnd_sample: 1.000000
seed: 1646846196
extend_out: false
out: /data/katrinac/APPC_sequencing/DNA/trimmed_reads/mapping/genotypes/angsd/ngsld/appc_ngsLD.tsv (WITH header)
n_threads: 40
verbose: 1
version: 1.1.1 (Mar 4 2022 @ 09:52:10)
==> GZIP input file (not BINARY)
> Reading data from file...
> Header found! Skipping line...
=====
ERROR: [read_geno] cannot read GZip GENO file. Check GENO file and number of sites!
=====
: Numerical result out of range
My GL file looks like this
zcat angsd/appc_angsd_probs.beagle.gz | head
marker allele1 allele2 Ind0 Ind0 Ind0 Ind1 Ind1 Ind1 Ind2 Ind2 Ind2 Ind3 Ind3 Ind3 Ind4 Ind4 Ind4 Ind5 Ind5 Ind5 Ind6 Ind6 Ind6 Ind7 Ind7 Ind7 Ind8 Ind8 Ind8 Ind9 Ind9 Ind9 Ind10 Ind10 Ind10 Ind11 Ind11 Ind11 Ind12 Ind12 Ind12 Ind13 Ind13 Ind13 Ind14 Ind14 Ind14 Ind15 Ind15 Ind15 Ind16 Ind16 Ind16 Ind17 Ind17 Ind17 Ind18 Ind18 Ind18 Ind19 Ind19 Ind19 Ind20 Ind20 Ind20 Ind21 Ind21 Ind21 Ind22 Ind22 Ind22 Ind23 Ind23 Ind23 Ind24 Ind24 Ind24 Ind25 Ind25 Ind25 Ind26 Ind26 Ind26 Ind27 Ind27 Ind27 Ind28 Ind28 Ind28 Ind29 Ind29 Ind29 Ind30 Ind30 Ind30 Ind31 Ind31 Ind31 Ind32 Ind32 Ind32 Ind33 Ind33 Ind33 Ind34 Ind34 Ind34 Ind35 Ind35 Ind35 Ind36 Ind36 Ind36 Ind37 Ind37 Ind37 Ind38 Ind38 Ind38 Ind39 Ind39 Ind39 Ind40 Ind40 Ind40 Ind41 Ind41 Ind41 Ind42 Ind42 Ind42 Ind43 Ind43 Ind43 Ind44 Ind44 Ind44 Ind45 Ind45 Ind45 Ind46 Ind46 Ind46 Ind47 Ind47 Ind47 Ind48 Ind48 Ind48 Ind49 Ind49 Ind49 Ind50 Ind50 Ind50 Ind51 Ind51 Ind51 Ind52 Ind52 Ind52 Ind53 Ind53 Ind53 Ind54 Ind54 Ind54 Ind55 Ind55 Ind55 Ind56 Ind56 Ind56 Ind57 Ind57 Ind57 Ind58 Ind58 Ind58 Ind59 Ind59 Ind59 Ind60 Ind60 Ind60 Ind61 Ind61 Ind61 Ind62 Ind62 Ind62 Ind63 Ind63 Ind63 Ind64 Ind64 Ind64 Ind65 Ind65 Ind65 Ind66 Ind66 Ind66 Ind67 Ind67 Ind67 Ind68 Ind68 Ind68 Ind69 Ind69 Ind69 Ind70 Ind70 Ind70 Ind71 Ind71 Ind71 Ind72 Ind72 Ind72 Ind73 Ind73 Ind73 Ind74 Ind74 Ind74 Ind75 Ind75 Ind75 Ind76 Ind76 Ind76 Ind77 Ind77 Ind77 Ind78 Ind78 Ind78 Ind79 Ind79 Ind79 Ind80 Ind80 Ind80 Ind81 Ind81 Ind81 Ind82 Ind82 Ind82 Ind83 Ind83 Ind83 Ind84 Ind84 Ind84 Ind85 Ind85 Ind85 Ind86 Ind86 Ind86 Ind87 Ind87 Ind87 Ind88 Ind88 Ind88 Ind89 Ind89 Ind89 Ind90 Ind90 Ind90 Ind91 Ind91 Ind91 Ind92 Ind92 Ind92 Ind93 Ind93 Ind93 Ind94 Ind94 Ind94 Ind95 Ind95 Ind95 Ind96 Ind96 Ind96 Ind97 Ind97 Ind97 Ind98 Ind98 Ind98 Ind99 Ind99 Ind99 Ind100 Ind100 Ind100 Ind101 Ind101 Ind101 Ind102 Ind102 Ind102 Ind103 Ind103 Ind103 Ind104 Ind104 Ind104 Ind105 Ind105 Ind105 Ind106 Ind106 Ind106 Ind107 Ind107 Ind107 Ind108 Ind108 Ind108 Ind109 Ind109 Ind109 Ind110 Ind110 Ind110 Ind111 Ind111 Ind111 Ind112 Ind112 Ind112 Ind113 Ind113 Ind113 Ind114 Ind114 Ind114 Ind115 Ind115 Ind115 Ind116 Ind116 Ind116 Ind117 Ind117 Ind117 Ind118 Ind118 Ind118 Ind119 Ind119 Ind119 Ind120 Ind120 Ind120 Ind121 Ind121 Ind121 Ind122 Ind122 Ind122 Ind123 Ind123 Ind123 Ind124 Ind124 Ind124 Ind125 Ind125 Ind125 Ind126 Ind126 Ind126 Ind127 Ind127 Ind127 Ind128 Ind128 Ind128 Ind129 Ind129 Ind129 Ind130 Ind130 Ind130 Ind131 Ind131 Ind131 Ind132 Ind132 Ind132 Ind133 Ind133 Ind133 Ind134 Ind134 Ind134 Ind135 Ind135 Ind135 Ind136 Ind136 Ind136 Ind137 Ind137 Ind137 Ind138 Ind138 Ind138 Ind139 Ind139 Ind139 Ind140 Ind140 Ind140 Ind141 Ind141 Ind141 Ind142 Ind142 Ind142 Ind143 Ind143 Ind143 Ind144 Ind144 Ind144 Ind145 Ind145 Ind145 Ind146 Ind146 Ind146 Ind147 Ind147 Ind147 Ind148 Ind148 Ind148 Ind149 Ind149 Ind149 Ind150 Ind150 Ind150 Ind151 Ind151 Ind151 Ind152 Ind152 Ind152 Ind153 Ind153 Ind153 Ind154 Ind154 Ind154 Ind155 Ind155 Ind155 Ind156 Ind156 Ind156 Ind157 Ind157 Ind157 Ind158 Ind158 Ind158
CM009708.1_164 0 2 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.662254 0.331124 0.006623 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.666557 0.333276 0.000167 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.665965 0.332980 0.001055 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.662254 0.331124 0.006623 0.662254 0.331124 0.006623 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.888891 0.111108 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.006623 0.331124 0.662254 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.666492 0.333243 0.000265 0.663157 0.331576 0.005268 0.662254 0.331124 0.006623 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.004189 0.331935 0.663876 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.941178 0.058822 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.969698 0.030302 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.888891 0.111109 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.663157 0.331576 0.005268 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.001115 0.998885 0.000000 0.662254 0.331124 0.006623 0.663157 0.331576 0.005268 0.333333 0.333333 0.333333 0.006623 0.331124 0.662254 0.663157 0.331576 0.005268 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.998051 0.001949 0.000000 0.333333 0.333333 0.333333 0.000529 0.333155 0.666316 0.663876 0.331935 0.004189 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.662254 0.331124 0.006623 0.333333 0.333333 0.333333 0.800000 0.199996 0.000004 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.663876 0.331935 0.004189 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.662254 0.331124 0.006623 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.333333 0.666110 0.333052 0.000839
Any idea what this issue is here? It doesn't work without --probs either,
/local/home/katrinac/ngsLD/ngsLD --geno /data/katrinac/APPC_sequencing/DNA/trimmed_reads/mapping/genotypes/angsd/appc_angsd_probs.beagle.gz --n_ind 159 --n_threads 40 --n_sites 6295181 --pos /data/katrinac/APPC_sequencing/DNA/trimmed_reads/mapping/genotypes/angsd/appc_angsd_pos.txt --outH /data/katrinac/APPC_sequencing/DNA/trimmed_reads/mapping/genotypes/angsd/ngsld/appc_ngsLD.tsv
=====
ERROR: [read_geno] cannot read GZip GENO file. Check GENO file and number of sites!
=====
: Numerical result out of range
Thank you!!
fgvieira commented
Without seeing more, I'd say the number of individuals/sites does not match.
How many indiv/sites do you have?
katcatalano commented
Ack yes, I was counting the GL header line- thanks for the quick response