Northen-Test-Loc Сделал простым вариантом - если фаилы не большие и можно их данные держать в памяти. Если фаилы большие - то лучше сравнивать построчно, учитывая что данные отсортированы - для скорости можно использовать алгоритм двоичного поиска, например.