/MeRIPtools

Primary LanguageR

MeRIPtools

Tool sets to analyze high throughput data for RNA modifications

Install the R package from Github

Depends: GenomicFeatures, Rsamtools, ggplot2, doParallel, foreach,grid,rtracklayer,GenomicAlignments,reshape2,Rcpp,RcppArmadillo, Guitar, stringr,vcfR,gamlss, broom, DESeq2

install.packages("devtools")
library(devtools)
# install_github("scottzijiezhang/MeRIPtools")
install_github("gnilihzeux/MeRIPtools")
library("MeRIPtools")

Manual page

Please refer to manual page for detailed instructions.

Citation

MeRIPtools is a tool sets that implemented functions for peak calling, QTL calling, differential methylation analysis, visualization.

If you used MeRIPtools in your publication, please cite: Something to be published...

Note MeRIPtools also have wrapper functions to call functions from other R packages to do specific analysis.
If you used the plotMetaGene or MetaGene function, please cite the original R package Guitar
Cui X, Wei Z, Zhang L, Liu H, Sun L, Zhang s, Huang Y, Meng J (2016). “Guitar: an R/Bioconductor package for gene annotation guided transcriptomic analysis of RNA related genomic features.” BioMed Research International.

代码解读

1. reads counting

该软件首先将基因区域分成 bins,然后统计每个 bin 上的 counts。

可以通过 MeRIPtools::countReads 函数获得 MeRIP 对象，对象信息如下

  • MeRIP@geneBins
    包含两列的数据框，行名为基因名.bin

    • 基因ID
    • 根据事先设定的 bin 大小得到的 bin 终止长度

    e.g.

                                     gene bin
ENSG00000000003.10,20  ENSG00000000003.10  20
ENSG00000000003.10,60  ENSG00000000003.10  60
ENSG00000000003.10,99  ENSG00000000003.10  99
ENSG00000000003.10,139 ENSG00000000003.10 139
ENSG00000000003.10,178 ENSG00000000003.10 178
ENSG00000000003.10,218 ENSG00000000003.10 218

2.peak calling

在 method.R 文件中，函数 callPeakFisher 对每一个 bin 都进行了 fisher's exact test。

fisher_result <- t( mapply(.fisher_exact_test, batch_ip[,j], batch_input[,j], overall_ip[j], overall_input[j]) )

其中，

  • batch_ip[,j] 表示某个基因的第 j 个 bin 在 IP 中的 reads count
  • overall_ip[j] 表示某个基因所有 bin 在 IP 中 reads count 的中值
  • input 同理

改进

由于该软件并没有输出检验之后的关键信息，例如 p-value/fdr 等，因此，这里我添加了更多信息 —— 查看 callPeakFisher 函数，另外相应地为 MeRIP.peak 类增加了一个 slot peakCallResultMore