Plastiс, assholes!

Цель: расширить исследование (1).

Задачи: произвести филогенетический анализ последовательностей, гомологичных ПЭТазе и MHETase с учётом метагеномных данных.

Последовательности искали в базе NCBI, выравнивание и построение филогенетического дерева осуществлялось в программе MegaX. Визуализация деревьев производилась с помощью онлайн версии программы itol. Построение карты метагеномов в среде Jupyter notebook с помощью пакета ploty.

Системные требования для казанных выше программ и ресурсы где они были взяты:

itol

Системных требований нет. Требуется регистрация на сайте

сайт: https://itol.embl.de

MegaX

Microsoft Windows: Windows 7 or later Apple Macintosh: macOS 10.13 (High Sierra) or later Linux: MEGA is tested on Debian-based and Redhat-like systems

The minimum computer requirements are at least 2048 MB of RAM and 500 MB of available hard disk space (a 64-bit processor is strongly recommended). The more RAM and faster your CPU (processor) is, the faster an analysis will finish.

сайт: https://www.megasoftware.net

Anaconda/Jupyter notebook

Operating system: Windows 8 or newer, 64-bit macOS 10.13+, or Linux, including Ubuntu, RedHat, CentOS 6+, and others. System architecture: Windows- 64-bit x86, 32-bit x86; MacOS- 64-bit x86; Linux- 64-bit x86, 64-bit Power8/Power9. Minimum 5 GB disk space to download and install.

ссылка для установки Anaconda: https://docs.anaconda.com/anaconda/install/ в Anaconda необходимо установить Jupyter notebook

Ссылки

Yoshida, S., Hiraga, K., Takehana, T., Taniguchi, I., Yamaji, H., Maeda, Y., … Oda, K. (2016). A bacterium that degrades and assimilates poly(ethylene terephthalate). Science. https://doi.org/10.1126/science.aad635