Datasets currently used in this repo
| Number | Dataset | Samples | Controls |
|---|---|---|---|
| #1 | ADNI | 484 | 260 |
Due to the restriction on the access to the ADNI data, we are not at the liberty to share the data. If an individual wishes to replicate the results, they could apply for access the ADNI data at their access portal.
The repo contains a main folder (Datasets) containing 3 experiments that were carried out using CLEP framework for each dataset.
The data and results for each experiment is available in their respective folders, within each dataset's folder,
- Benchmark - Benchmarking experiment to check the performance of CLEP in contrast with the raw data (including robustness analysis),
- Kge_Model - Experiment to check the effect of KGE model on the classification, and
- Threshold - Experiment to check the effect of threshold applied during the incorporation of patients in the KG.
Each experiment folder contains a data and results folder.
The tree structure looks like as given below,
Datasets/
└── ADNI
├── kge_model
│ ├── data
│ │ └── ppi-kg.edgelist
│ └── results
│ ├── ComplEx
│ │ ├── config.json
│ │ ├── cross_validation_results.json
│ │ ├── embedding.tsv
│ │ ├── pykeen_results_final
│ │ │ ├── metadata.json
│ │ │ └── results.json
│ │ ├── pykeen_results_optim
│ │ │ ├── best_pipeline
│ │ │ │ └── pipeline_config.json
│ │ │ ├── study.json
│ │ │ └── trials.tsv
│ │ ├── test.edgelist
│ │ ├── train.edgelist
│ │ └── validation.edgelist
│ ├── HolE
│ │ ├── config.json
│ │ ├── cross_validation_results.json
│ │ ├── embedding.tsv
│ │ ├── pykeen_results_final
│ │ │ ├── metadata.json
│ │ │ └── results.json
│ │ ├── pykeen_results_optim
│ │ │ ├── best_pipeline
│ │ │ │ └── pipeline_config.json
│ │ │ ├── study.json
│ │ │ └── trials.tsv
│ │ ├── test.edgelist
│ │ ├── train.edgelist
│ │ └── validation.edgelist
│ ├── RotatE
│ │ ├── config.json
│ │ ├── cross_validation_results.json
│ │ ├── embedding.tsv
│ │ ├── pykeen_results_final
│ │ │ ├── metadata.json
│ │ │ └── results.json
│ │ ├── pykeen_results_optim
│ │ │ ├── best_pipeline
│ │ │ │ └── pipeline_config.json
│ │ │ ├── study.json
│ │ │ └── trials.tsv
│ │ ├── test.edgelist
│ │ ├── train.edgelist
│ │ └── validation.edgelist
│ ├── TransE
│ │ ├── config.json
│ │ ├── cross_validation_results.json
│ │ ├── embedding.tsv
│ │ ├── pykeen_results_final
│ │ │ ├── metadata.json
│ │ │ └── results.json
│ │ ├── pykeen_results_optim
│ │ │ ├── best_pipeline
│ │ │ │ └── pipeline_config.json
│ │ │ ├── study.json
│ │ │ └── trials.tsv
│ │ ├── test.edgelist
│ │ ├── train.edgelist
│ │ ├── validation.edgelist
│ │ └── weighted.edgelist
│ ├── network_summary.tsv
│ ├── radical_summary.tsv
│ ├── sample_scoring.tsv
│ └── weighted.edgelist
├── benchmarking
│ ├── data
│ │ └── embedding.tsv
│ └── results
│ ├── emb
│ │ ├── elastic_net
│ │ │ └── grid_search
│ │ │ └── cross_validation_results.json
│ │ ├── gradient_boost
│ │ │ └── grid_search
│ │ │ └── cross_validation_results.json
│ │ ├── logistic_regression
│ │ │ └── grid_search
│ │ │ └── cross_validation_results.json
│ │ ├── random_forest
│ │ │ └── grid_search
│ │ │ └── cross_validation_results.json
│ │ └── svm
│ │ └── grid_search
│ │ └── cross_validation_results.json
│ ├── perm
│ │ ├── elastic_net
│ │ │ └── grid_search
│ │ │ └── cross_validation_results.json
│ │ ├── gradient_boost
│ │ │ └── grid_search
│ │ │ └── cross_validation_results.json
│ │ ├── logistic_regression
│ │ │ └── grid_search
│ │ │ └── cross_validation_results.json
│ │ ├── random_forest
│ │ │ └── grid_search
│ │ │ └── cross_validation_results.json
│ │ └── svm
│ │ └── grid_search
│ │ └── cross_validation_results.json
│ └── raw
│ ├── elastic_net
│ │ └── grid_search
│ │ └── cross_validation_results.json
│ ├── gradient_boost
│ │ └── grid_search
│ │ └── cross_validation_results.json
│ ├── logistic_regression
│ │ └── grid_search
│ │ └── cross_validation_results.json
│ ├── random_forest
│ │ └── grid_search
│ │ └── cross_validation_results.json
│ └── svm
│ └── grid_search
│ └── cross_validation_results.json
└── threshold
├── data
│ └── ppi-kg.edgelist
└── results
├── 1
│ ├── RotatE
│ │ ├── cross_validation_results.json
│ │ ├── embedding.tsv
│ │ ├── pykeen_results_final
│ │ │ ├── metadata.json
│ │ │ └── results.json
│ │ ├── pykeen_results_optim
│ │ │ ├── best_pipeline
│ │ │ │ └── pipeline_config.json
│ │ │ ├── study.json
│ │ │ └── trials.tsv
│ │ ├── test.edgelist
│ │ ├── train.edgelist
│ │ └── validation.edgelist
│ ├── cross_validation_results.json
│ ├── embedding.tsv
│ ├── network_summary.tsv
│ ├── pykeen_results_final
│ │ ├── metadata.json
│ │ └── results.json
│ ├── pykeen_results_optim
│ │ ├── best_pipeline
│ │ │ └── pipeline_config.json
│ │ ├── study.json
│ │ └── trials.tsv
│ ├── radical_summary.tsv
│ ├── sample_scoring.tsv
│ ├── test.edgelist
│ ├── train.edgelist
│ ├── validation.edgelist
│ └── weighted.edgelist
├── 1.5
│ ├── RotatE
│ │ ├── cross_validation_results.json
│ │ ├── embedding.tsv
│ │ ├── pykeen_results_final
│ │ │ ├── metadata.json
│ │ │ └── results.json
│ │ ├── pykeen_results_optim
│ │ │ ├── best_pipeline
│ │ │ │ └── pipeline_config.json
│ │ │ ├── study.json
│ │ │ └── trials.tsv
│ │ ├── test.edgelist
│ │ ├── train.edgelist
│ │ └── validation.edgelist
│ ├── cross_validation_results.json
│ ├── embedding.tsv
│ ├── network_summary.tsv
│ ├── pykeen_results_final
│ │ ├── metadata.json
│ │ └── results.json
│ ├── pykeen_results_optim
│ │ ├── best_pipeline
│ │ │ └── pipeline_config.json
│ │ ├── study.json
│ │ └── trials.tsv
│ ├── radical_summary.tsv
│ ├── sample_scoring.tsv
│ ├── test.edgelist
│ ├── train.edgelist
│ ├── validation.edgelist
│ └── weighted.edgelist
├── 10
│ ├── RotatE
│ │ ├── cross_validation_results.json
│ │ ├── embedding.tsv
│ │ ├── pykeen_results_final
│ │ │ ├── metadata.json
│ │ │ └── results.json
│ │ ├── pykeen_results_optim
│ │ │ ├── best_pipeline
│ │ │ │ └── pipeline_config.json
│ │ │ ├── study.json
│ │ │ └── trials.tsv
│ │ ├── test.edgelist
│ │ ├── train.edgelist
│ │ └── validation.edgelist
│ ├── embedding.tsv
│ ├── network_summary.tsv
│ ├── pykeen_results_final
│ │ ├── metadata.json
│ │ └── results.json
│ ├── pykeen_results_optim
│ │ ├── best_pipeline
│ │ │ └── pipeline_config.json
│ │ ├── study.json
│ │ └── trials.tsv
│ ├── radical_summary.tsv
│ ├── sample_scoring.tsv
│ ├── test.edgelist
│ ├── train.edgelist
│ ├── validation.edgelist
│ └── weighted.edgelist
├── 2.5
│ ├── RotatE
│ │ ├── cross_validation_results.json
│ │ ├── embedding.tsv
│ │ ├── pykeen_results_final
│ │ │ ├── metadata.json
│ │ │ └── results.json
│ │ ├── pykeen_results_optim
│ │ │ ├── best_pipeline
│ │ │ │ └── pipeline_config.json
│ │ │ ├── study.json
│ │ │ └── trials.tsv
│ │ ├── test.edgelist
│ │ ├── train.edgelist
│ │ └── validation.edgelist
│ ├── TransE
│ │ ├── cross_validation_results.json
│ │ ├── embedding.tsv
│ │ ├── pykeen_results_final
│ │ │ ├── metadata.json
│ │ │ └── results.json
│ │ ├── pykeen_results_optim
│ │ │ ├── best_pipeline
│ │ │ │ └── pipeline_config.json
│ │ │ ├── study.json
│ │ │ └── trials.tsv
│ │ ├── test.edgelist
│ │ ├── train.edgelist
│ │ └── validation.edgelist
│ ├── cross_validation_results.json
│ ├── embedding.tsv
│ ├── multi_res
│ │ ├── elastic_net
│ │ │ └── grid_search
│ │ │ └── cross_validation_results.json
│ │ ├── gradient_boost
│ │ │ └── grid_search
│ │ │ └── cross_validation_results.json
│ │ ├── logistic_regression
│ │ │ └── grid_search
│ │ │ └── cross_validation_results.json
│ │ ├── random_forest
│ │ │ └── grid_search
│ │ │ └── cross_validation_results.json
│ │ └── svm
│ │ └── grid_search
│ │ └── cross_validation_results.json
│ ├── network_summary.tsv
│ ├── pykeen_results_final
│ │ ├── metadata.json
│ │ └── results.json
│ ├── pykeen_results_optim
│ │ ├── best_pipeline
│ │ │ └── pipeline_config.json
│ │ ├── study.json
│ │ └── trials.tsv
│ ├── radical_summary.tsv
│ ├── sample_scoring.tsv
│ ├── test
│ │ ├── diff.txt
│ │ ├── patient_connection_summary.tsv
│ │ └── weighted.edgelist
│ ├── test.edgelist
│ ├── train.edgelist
│ ├── validation.edgelist
│ └── weighted.edgelist
├── 20
│ ├── RotatE
│ │ ├── cross_validation_results.json
│ │ ├── embedding.tsv
│ │ ├── pykeen_results_final
│ │ │ ├── metadata.json
│ │ │ └── results.json
│ │ ├── pykeen_results_optim
│ │ │ ├── best_pipeline
│ │ │ │ └── pipeline_config.json
│ │ │ ├── study.json
│ │ │ └── trials.tsv
│ │ ├── test.edgelist
│ │ ├── train.edgelist
│ │ └── validation.edgelist
│ ├── embedding.tsv
│ ├── network_summary.tsv
│ ├── pykeen_results_final
│ │ ├── metadata.json
│ │ └── results.json
│ ├── pykeen_results_optim
│ │ ├── best_pipeline
│ │ │ └── pipeline_config.json
│ │ ├── study.json
│ │ └── trials.tsv
│ ├── radical_summary.tsv
│ ├── sample_scoring.tsv
│ ├── test.edgelist
│ ├── train.edgelist
│ ├── validation.edgelist
│ └── weighted.edgelist
└── 5
├── RotatE
│ ├── cross_validation_results.json
│ ├── embedding.tsv
│ ├── pykeen_results_final
│ │ ├── metadata.json
│ │ └── results.json
│ ├── pykeen_results_optim
│ │ ├── best_pipeline
│ │ │ └── pipeline_config.json
│ │ ├── study.json
│ │ └── trials.tsv
│ ├── test.edgelist
│ ├── train.edgelist
│ └── validation.edgelist
├── cross_validation_results.json
├── embedding.tsv
├── network_summary.tsv
├── pykeen_results_final
│ ├── metadata.json
│ └── results.json
├── pykeen_results_optim
│ ├── best_pipeline
│ │ └── pipeline_config.json
│ ├── study.json
│ └── trials.tsv
├── radical_summary.tsv
├── sample_scoring.tsv
├── test.edgelist
├── train.edgelist
├── validation.edgelist
└── weighted.edgelist