2018.05 ~ 2018.06
DNA패턴매칭
Windows 8.1
Intel Core i-5 5200U CPU 2.20GHz 8GB RAM
visual studio 2017
C++
*Bad character 문자가 불일치하면 테이블에서 해당문자를 찾아 점프 (평균 테이블 크기의 절반만큼 점프)
*Good suffix case1: 접미부가 앞에 존재하면 그만큼 점프
case2: 접미부가 앞에 존재하지 않으면 접미부의 일부분을 보고 접두부와 일치하면 그만큼 점프(접미부와 접두부 사이크기만큼 점프가능)
prefix - suffix를 이용하여 suffix에서 불일치 할 경우 prefix로 점프해서 비교.
Reference 길이 : 10000 mismatch : 100 shortread : 2000개 목표정확도: 98%
평균적으로 KMP보다 Boyer-Moore 매칭이 11배 빠르고 shortread가 길수록 매칭속도가 더 빠르다.