Este repositório é público. Está aberto à contribuição de todos para manter e disponibilizar os dados sobre a COVID-19 em Portugal.
Os dados estão disponíveis no formato mais simples possível, para permitir o seu posterior processamento. Os dados da DGS, no formato PDF, limitam a sua reutilização para fins científicos ou de comunicação.
Para discutir os dados ou o seu processamento, por favor crie um issue ou um pull request. Para qualquer outro contacto, use o email jgr@di.uminho.pt.
Se desenvolveu uma visualização, um modelo ou um algoritmo de previsão, submeta um pull request.
Os dados sobre os casos de COVID-19 são atualizados a partir do site da DGS. Os números avançados pela DGS estão publicados nos relatórios de situação.
Os dados sobre a situação epidemiológica são extraídos automaticamente dos PDF através do programa relatorio.py, a partir de 2020-04-21. Antes dessa data, a extração era semi-automática e pode conter erros.
Os dados sobre os limites dos concelhos do Continente, Região Autónoma da Madeira e Região Autónoma dos Açores provêm da Direção Geral do Território. Foram obtidos a partir da Carta Administrativa Oficial de Portugal.
Todos os dados estão escritos com a codificação UTF-8.
Apenas são utilizados os sistemas de coordenadas Portugueses, para o Continente (EPSG:3763), RAM e RAA (EPSG:5016).
| Tabela | Formato | Conteúdo |
|---|---|---|
| situacao_epidemiologica.csv | CSV (Folha de cálculo) | Situação epidemiológica para cada um dos dias |
| confirmados_concelho.csv | CSV (Folha de cálculo) | Número de casos para cada concelho, para cada um dos dias |
| confirmados_distrito_ilha.csv | CSV (Folha de cálculo) | Número de casos, para cada um dos dias, agrupados por distrito (no continente) e por ilha (nas regiões autónomas) |
| covid-pt-latest.gpkg | GeoPackage (QGIS) | Além das tabelas anteriores, contém os polígonos dos concelhos (do continente e regiões autónomas), dos distritos e das ilhas |
Os mapas podem ser produzidos usando o software QGIS. É open source e grátis. Para questões sobre a utilização do software QGIS, inscreva-se na lista de email do QGIS. Com o QGIS é possível, por exemplo, produzir animações com a evolução diária dos casos confirmados de COVID-19.
Para apresentar os dados no QGIS, faz-se uma relação entre as tabelas dos concelhos (que estão no Geopackage) com a tabela confirmados_concelho (que também está no GeoPackage). A chave de ligação é o campo dico.
A título de exemplo, inclui-se o mapa com os valores por concelho para o continente e para a Madeira:
Usando a tabela confirmados_distrito_ilha.csv, podem-se fazer mapas com os dados por distrito (ou por ilhas, para as regiões autónomas), como por exemplo:
Dados disponibilizados pela comunidade Data Science for Social Good Portugal
Projeto colaborativo e independente de monitorização do COVID-19 em Portugal, por André Peralta Santos et al.
Os dados da DGS também estão disponível a partir do Ponto de Situação Atual em Portugal. Contudo, os dados estão (também) a ser introduzidos manualmente e têm diversas gralhas.
Sendo este um repositório aberto à participação, queremos eliminar os erros nos dados com a ajuda de todos. Se encontrar algum erro, por favor crie um issue.
European Centre for Disease Prevention and Control
Modelling the COVID-19 epidemic and implementation of population-wide interventions in Italy
Effective reproduction number estimation
Temporal variation in transmission during the COVID-19 outbreak, coordenado pelo Centre for the Mathematical Modelling of Infectious Diseases, London School of Hygiene and Tropical Medicine