rxnplot

rxnplot es un paquete de Python 3 para dibujar diagramas de niveles de energía de reacciones químicas compatible con documentos de Jupyter.

Instala rxnplot

Puedes instalar rxnplot en tu computadora con pip:

pip install rxnplot

o puedes usar rxnplot en Binder sin necesidad de instalar nada.

Construye un diagrama paso a paso

Para crear un diagrama tendrás que usar Python, pero incluso si nunca lo has usado puedes aprender a construir diagramas rápidamente.

Primero importa el módulo

from rxnplot import plot, energy

luego crea un objeto de gráfico

p = plot(height=10.0, zero=energy(0.0, 'kjmol'), units='kcalmol', decimals=1, qualified=True)

El objeto plot representa un diagrama inicialmente en blanco y requiere como argumentos:

height - el tamaño vertical del gráfico en cm.
bgcolor - el color de fondo de la imagen o None. Si es None, el fondo será transparente.
zero - un objeto energy que representa el cero de las energías relativas.
units - las unidades de energía del diagrama.
decimals - el número de decimales que se usarán para mostrar las energías en el diagrama.
qualified - si es True, se mostrarán las unidades de energía en el diagrama, de lo contrario sólo se mostrarán los valores numéricos.

El objeto energy requiere dos argumentos: la energía como un número de punto flotante y las unidades.

Las unidades de energía pueden ser 'kjmol' (kilojulios por mol), 'eh' (hartrees), 'ev' (electronvoltios), 'kcalmol' (kilocalorías por mol) o 'wavenumber' (números de onda).

Los colores deben ser nombres de colores SVG.

Ahora puedes empezar a agregar elementos al gráfico.

puedes incluir una línea base (esto es opcional)

p.new_baseline(color='black', mode='dashed', opacity=0.1)

El método new_baseline crea una línea que representa el cero de energía y requiere como argumentos:

color - el color de la línea base.
mode - controla la apariencia de la línea base, puede ser 'normal' o 'dashed'.
opacity - un flotante entre 0.0 y 1.0 que representan la opacidad de la línea base.

finalmente define los niveles de energía

p.new_level('1', energy(0.0, 'kcalmol'))
p.new_level('TS1', energy(8.1, 'kcalmol'), color='green')
p.new_level('2', energy(-6.4, 'kcalmol'))
p.new_branch('1')
p.new_level('TS2', energy(12.6, 'kcalmol'), color='red')
p.add_level('2')

El método new_level agrega un nuevo nuevo nivel de energía y requiere como argumentos:

name - el nombre del nivel, que debe ser único.
energy - un objeto energy que representa la energía relativa del nivel.
offset - el desplazamiento horizontal del nivel respecto al nivel anterior (el valor por defecto es 1.0).
color - el color del nivel (el valor por defecto es 'black').

El método add_level agrega un nuevo nivel de energía existente y requiere como argumentos:

name - el nombre del nivel.

El método new_branch inicia una nueva rama del perfil y requiere como argumentos:

name - el nombre del nivel.

y visualiza el diagrama

p.render()

o guarda el diagrama en un archivo

p.write('diagrama.png')

El método write acepta la opción scale:

p.write('diagrama.png', scale=2)

y también crea archivos PDF:

p.write('diagrama.pdf')

josemvas/rxnplot