/Solex_ser_recon

Reconstruction disque solaire à partir de fichiers ser spectroheliographie

Primary LanguagePythonGNU General Public License v3.0GPL-3.0

Solex Ser Recon - Core Module - FR

(English version below)

Ce dépôt contient le core du processus de recontruction du disque solaire à partir des fichiers d'acquisitions .SER dans le cadre d'utilisation du Sol'Ex.

Plus d'informations sur le projet Sol'Ex ici : http://www.astrosurf.com/solex/

L'objectif est de maintenir le core en tant que module sans interface utilisateur. Le fichier Inti_ser_recon.py contient une GUI pour les tests durant les développement, attention ce n'est pas la version utilisateur finale. Les développements du module Core, inti_recon.py doivent être indépendants de la GUI.

Récupérer le code pour execution

Vous pouvez utiliser le code de ce dépôt sur votre machine personnelle :

  • En récupérant le code en téléchargeant le package entier via le bouton Code

  • En utilisant git via HTTPS ou en SSH. Cliquez sur "Clone with HTTPS/SSH" puis dans votre CMD Window ou terminal linux/macos

git clone https://github.com/Vdesnoux/Solex_ser_recon.git

Contribuer au dépôt

Si vous souhaitez contribuer au dépôt, consulter le document CONTRIBUTING.md présent sur le dépôt.

Installation (développeurs)

Python

Version recommandée : Python 3.8

Environnement virtuel (optionnel)

Installation pip install virtualenv

Creation de l'environnement virtualenv venv

Activation de l'environnement source venv/bin/activate

Requirements

La liste des dépendances se trouve dans le fichier requirements.txt

  • opencv_python==4.4.0.46
  • numpy==1.19.2
  • astropy==4.2
  • PySimpleGUI==4.38.0
  • lsq-ellipse==2.0.1

Pour une installation automatique taper :

pip install -r requirements.txt

Lancement & Utilisation

  • Dans le fenetre de pysimpleGUI entrer le nom du fichier ser à traiter

  • Angle de tilt: si a zero calcul automatique, si valeur differente de zero le calcul utilisera cette valeur

  • Ratio SY/SX: si a zero calcul automatique, si valeur differente de zero le calcul utilisera cette valeur

  • Cocher la case pour afficher un disque noir sur l'image png dont les seuils permettent de faire ressortir les protuberances

  • Cocher la case pour ne sauvegarder en fits que les deux images finales _recon.fits et _clahe.fits

  • Shift: decalage en pixels par rapport au minimum de la raie pour reconstruire sur une autre longueur d'onde exemple: decalage de n pixels pour reconstruire le continuum

  • Lors de l'affichae final des 4 images - appuyer sur "enter" pour sortir ou laisser faire la temporisation d'une minute

  • Si plusieurs fichiers ser sont selectionnés, la temporisation est reduite a 10 ms :

    Les fichiers suivants sont stockés dans le repertoire du fichier ser

    • xx_mean.fits: image moyenne de toutes les trames de la video ser du spectre
    • xx_img.fits: image brute monochromatique
    • xx_corr.fits: image corrigée des lignes aberrantes
    • xx_circle.fits: image circularisée
    • xx_flat.fits: image corrigée du flat
    • xx_recon.fits: image finale, corrigée du slant
    • xx_clahe.fits: image finale, traitement par Contrast Local Adapative Histogram Enhancement (CLAHE)

Solex Ser Recon - Core Module - EN

This repository contains the core of the solar disk reconstruction process from the .SER acquisition files in the framework of the Sol'Ex use.

More information on the Sol'Ex project here : http://www.astrosurf.com/solex/

The goal is to maintain the core as a module without user interface. The file Inti_ser_recon.py contains a GUI for testing during development, beware this is not the final user version. The development of the core module, inti_recon.py must be independent of the GUI.

Get the code for execution

You can use the code of this repository on your personal machine:

  • By retrieving the code by downloading the entire package via the Code button

  • By using git via HTTPS or SSH. Click on "Clone with HTTPS/SSH" then in your CMD Window or linux/macos terminal

git clone https://github.com/Vdesnoux/Solex_ser_recon.git`

Contribute to the repository

If you wish to contribute to the repository, please consult the document CONTRIBUTING.md present on this repository.

Installation (developers)

Python

Recommended version: Python 3.8

Virtual environment (optional)

Installation pip install virtualenv

Creation of the environment virtualenv venv

Activating the environment source venv/bin/activate

Requirements

The list of dependencies can be found in the file requirements.txt

  • opencv_python==4.4.0.46
  • numpy==1.19.2
  • astropy==4.2
  • PySimpleGUI==4.38.0
  • lsq-ellipse==2.0.1

For an automatic installation type :

pip install -r requirements.txt

Launching & Using

  • In the pySimpleGUI window enter the name of the ser file to process

  • Tilt angle: if at zero automatic calculation, if value different from zero the calculation will use this value

  • SY/SX ratio: if at zero automatic calculation, if different from zero the calculation will use this value

  • Check the box to display a black disk on the png image whose thresholds allow to highlight the protuberances

  • Check the box to save in fits only the two final images _recon.fits and _clahe.fits

  • Shift: shift in pixels from the minimum of the line to reconstruct on another wavelength example: shift of n pixels to reconstruct the continuum

  • When the final 4 images are displayed - press "enter" to exit or let the one minute delay run

  • If more than one ser file is selected, the time delay is reduced to 10 ms:

    The following files are stored in the ser file directory

    • xx_mean.fits: average image of all ser video frames in the spectrum
    • xx_img.fits: raw monochromatic image
    • xx_corr.fits: image corrected for outliers
    • xx_circle.fits: circularized image
    • xx_flat.fits: flat corrected image
    • xx_recon.fits: final image, corrected for slant
    • xx_clahe.fits: final image, processed by Contrast Local Adapative Histogram Enhancement (CLAHE)