Na pasta raiz do projeto:
$ java -jar radoc.jar PATH_ENTRADA PATH_SAIDA
Exemplo
java -jar radoc.jar src/test/resources/radoc2014.pdf src/test/resources/saida.txt
Substitua:
PATH_ENTRADA pelo caminho do .pdf de entrada. Ex: /radoc-parser/src/test/resources/radoc2015.pdf
PATH_SAÍDA pelo caminho do .txt de saída. Ex: /radoc-parser/src/main/java/saida.txt
Os caminhos supracitados devem ser caminhos absolutos.