keisuke-yanagisawa/example_msmd_job_submission

このコードで何ができるか

複数のタンパク質 × 複数のプローブ × 20 runs のMSMDを自動実行する

このコードの前提

• TSUBAME3.0上で実行
• ディレクトリ：$HOME/workspace/0010_invmsmd_alignment/20230719_inverseMSMD_xiap2
• タンパク質リスト：2WEA, 2CYB, 1ZUA, 1YMS, 1WBI, 1W4P, 1TU6, 1TT1, 1JZF, 1H60, 1H4G, 1E0X, 1CXV, 1BK9, 1HEE
  • リストを変える場合は3種類のpythonファイルそれぞれについて書き換える必要あり
• プローブリスト：A17, E14, E15, E16, E17, E18, E19
  • リストを変える場合は3種類のpythonファイルそれぞれについて書き換える必要あり
• タンパク質データの存在位置： $HOME/workspace/9998_share/msmd/protein/{PROTEIN}/{PROTEIN}.pdb
  • 例： $HOME/workspace/9998_share/msmd/protein/2WEA/2WEA.pdb
  • ファイルの位置を変える場合は config_files/template.yaml を修正する
• プローブデータの存在位置：$HOME/workspace/9998_share/msmd/probe/{PROBE}/{PROBE}.mol2 および $HOME/workspace/9998_share/msmd/probe/{PROBE}/{PROBE}.pdb
  • 例：$HOME/workspace/9998_share/msmd/probe/A17/A17.mol2 および $HOME/workspace/9998_share/msmd/probe/A17/A17.pdb
  • ファイルの位置を変える場合は config_files/template.yaml を修正する
• exprorer_msmdのバージョン：v1.1.5.4

このコードの実行手順

cd config_files
python config_file_generator.py

cd ../job_files
python job_file_generator.py
python job_submitter.py