Este é um repositório do Curso de Bioinformática para Iniciantes do SARS-CoV-2.
A identificação das linhagens variantes do SARS-CoV-2 é fundamental para o rastreamento da pandemia e para possibilitar a resposta de saúde pública. Este curso é uma introdução à bioinformática aplicando habilidades usadas na análise genômica do SARS-CoV-2. Este será um curso distribuído em estilo de sala de aula, realizado na África, América Latina e Caribe, e Ásia. Este modelo foi desenvolvido pela [H3AbioNet] (https://www.h3abionet.org), consulte esta publicação para mais informações: (https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1008640).
As habilidades em bioinformática são fundamentais na gestão e avaliação de sequências virais. Este curso irá introduzi-lo ao processamento de dados utilizando programação, aos formatos de dados utilizados no sequenciamento viral, como determinar a linhagem variante (Delta, Ômicron, etc.) e como compartilhar dados para que outros ao redor do mundo possam se beneficiar. Essas habilidades são os fundamentos para expandir a análise para níveis de resposta pandêmica.
Este curso está utilizando o Google Colab - https://colab.research.google.com/, um serviço gratuito.
O acesso ao Colab é feito por meio de uma Conta do Google, que pode ser criada gratuitamente.
As sessões de contato ocorrerão duas vezes por semana, com duração de 4 horas por sessão. Elas acontecerão entre os dias 31 de outubro e 2 de dezembro de 2022. Haverá sessões em dois fusos horários. Observe que cada sessão para Oceania e Ásia, assim como para América Latina e África, ocorrerá no mesmo intervalo de tempo, porém com diferenças regionais de horário.
O curso é voltado para cientistas pós-graduados, cientistas pós-doutorados, membros juniores do corpo docente ou profissionais clínicos/saúde com base nas regiões da África, Ásia e América Latina e Caribe. Não é necessário ter habilidades em bioinformática como pré-requisito.
O programa abordará os seguintes tópicos principais:
- Introdução aos Notebooks Python
- Introdução ao Unix/Linux e execução de comandos
- Introdução às tecnologias de sequenciamento NGS empregadas no contexto do SARS-CoV-2
- Controle de qualidade dos dados
- Fluxos de trabalho para análise de sequenciamento
- Pangolin para identificação de linhagens
- Exploração de dados genômicos em um contexto global
- Aplicar ferramentas de linha de comando para controle de qualidade de dados de sequência
- Listar os formatos de arquivo comumente usados no sequenciamento do SARS-CoV-2
- Usar o Pangolin para criar linhagens virais a partir de conjuntos de dados existentes
- Listar os metadados-chave que devem ser incluídos ao enviar sequências para repositórios online
- Descrever princípios gerais na tradução de resultados de análise para resposta a surtos/epidemias/pandemias.
- Ariel Amadio, Universidad Nacional de Rafaela, IDICAL, INTA-CONICET, Argentina
- Blanca Taboada,CoViGen-Mex, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM); Consorcio Mexicano de Vigilancia Genómica (CoViGen-Mex)
- Carlo Lapid, Philippine Genome Centre, Philippines
- Elizabeth Batty, MORU Mahidol Oxford Tropical Medicine Research Unit, Thailand
- Idowu Olawoye, African Centre for Excellence for Genomics of Infectious Diseases (ACEGID), Nigeria
- Johan F Bernal, AGROSAVIA, Colombia,
- John Juma, International Livestock Research Institute (ILRI), Kenya, SANBI, University of Western Cape, South Africa
- Jorge Batista da Rocha, COG-Train, Wellcome Connecting Science, United Kingdom, Sydney Brenner Institute for Molecular Bioscience SBIMB, University of the Witwatersrand, South Africa
- Leigh Jackson, COG-Train, University of Exeter, United Kingdom
- Marcela Suarez Esquivel, Universidad Nacional, Costa Rica
- Paul Oluniyi, Chan Zuckerberg Biohub, University of California, San Francisco, USA
- Progress Dube, National Biotechnology Authority, Zimbabwe
- Una Ren, Special Pathogens Unit, Environmental Science and Research, New Zealand
- Varun Shammana, Central Research Laboratory, Kempegowda Institute of Medical Sciences
- Zahra Waheed, European Bioinformatics Institute, Wellcome Genome Campus, United Kingdom
Introdução ao Curso
Começe Aqui a Primeira Notebook
Playlist de Introdução ao Curso
Módulo 1: Introdução aos Notebooks e Linhas de Comando Unix
Instruções para o Notebook do Módulo 1
Módulo 2: Controle de Qualidade dos Dados e Sequências Consenso
Módulo 3: Identificação da Linhagem de Variantes
Vídeo do Módulo 3- Identificação da Linhagem de Variantes
Instruções para o Notebook de Identificação de Linhagem de Variantes do Módulo 3
Módulo 4: Compartilhamento e Interpretação de Dados
Playlist Módulo 4
Instruções para o Notebook de Compartilhamento e Interpretação de Dados do Módulo 4
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