| Organism Name | GC% | Size (Mb) | Scaffolds |
|---|---|---|---|
| Actinomyces procaprae | 69,3 | 3,60035 | 1 |
| Actinomyces howellii | 71,7 | 3,14893 | 1 |
| Actinomyces marmotae | 71,6 | 2,4195 | 1 |
| Actinomyces naeslundii | 67,9 | 3,15212 | 1 |
| Actinomyces oris | 68,457 | 3,1904 | 2 |
Все выбранные организмы имеют достаточно высокий GC%
bio_project.ipynb
| Название Вида | Длина | Кол-во Аннотированных Генов | Доля Аннотированных Генов | Количество Предсказанных Участков Z-DNA | Кол-во Участков (zh-score>500) | Общая Длина (zh-score>500) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| procaprae (GCF_004798665.1_ASM479866v1) | 3600355 | 3010 | 85.4% | 3600355 | 57263 | 592384 |
| howellii (GCF_002076915.1_ASM207691v1) | 2359360 | 2015 | 88.5% | 2359360 | 43176 | 435586 |
| marmotae (GCF_013177295.1_ASM1317729v1) | 2419502 | 2011 | 87.5% | 2419502 | 47372 | 477512 |
| naeslundii (GCF_016127855.1_ASM1612785v1) | 3152123 | 2658 | 87.6% | 3152123 | 30106 | 304592 |
| oris (GCF_016127955.1_ASM1612795v1) | 3190396 | 2661 | 87.1% | 3184721 | 33142 | 335754 |
- Actinomyces procaprae GCF_004798665.1_ASM479866v1
- Actinomyces howellii GCF_002076915.1_ASM207691v1
- Actinomyces marmotae GCF_013177295.1_ASM1317729v1
- Actinomyces naeslundii GCF_016127855.1_ASM1612785v1
- Actinomyces oris (GCF_016127955.1_ASM1612795v1)
| Species | Genes | Alg.-Conn. | GCF_002076915.1_ASM207691v1 | GCF_004798665.1_ASM479866v1 | GCF_013177295.1_ASM1317729v1 | GCF_016127855.1_ASM1612785v1 | GCF_016127955.1_ASM1612795v1 | mean ZH-Score |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5 | 5 | 1 | WP_081172084.1 | WP_136314491.1 | WP_159624273.1 | WP_003783649.1 | WP_101559258.1 | 121492 |
| 5 | 5 | 1 | WP_080461836.1 | WP_136313303.1 | WP_159524585.1 | WP_003782055.1 | WP_141407362.1 | 95034.9 |
| 5 | 5 | 1 | WP_081170551.1 | WP_136193558.1 | WP_159524420.1 | WP_003784190.1 | WP_141406447.1 | 80708.1 |
| 5 | 5 | 1 | WP_080462265.1 | WP_136314468.1 | WP_159522402.1 | WP_076142734.1 | WP_141405902.1 | 63832.6 |
| 5 | 5 | 1 | WP_081171157.1 | WP_240038323.1 | WP_235905311.1 | WP_003782845.1 | WP_198498153.1 | 56068.5 |
| 5 | 5 | 1 | WP_229657903.1 | WP_136192266.1 | WP_159524262.1 | WP_003783958.1 | WP_003786387.1 | 51772.8 |
| 5 | 5 | 1 | WP_080462116.1 | WP_136192997.1 | WP_159522918.1 | WP_003781441.1 | WP_003781441.1 | 46025.5 |
| 5 | 5 | 1 | WP_081170894.1 | WP_136192359.1 | WP_159523874.1 | WP_043539339.1 | WP_004565259.1 | 37149.2 |
| 5 | 5 | 1 | WP_081171840.1 | WP_136313286.1 | WP_159523684.1 | WP_003784503.1 | WP_141406578.1 | 35555.3 |
| 5 | 5 | 1 | WP_080463426.1 | WP_136313608.1 | WP_159523185.1 | WP_003785801.1 | WP_141406914.1 | 35029.8 |
Визуализация была получена в программе MEGA-X
Наиболее удачными оказались выравнивания для 3, 7, 8 и 9 кластеров
