/AMBER_calculate_for_gromacs

When calculating the protein-ligand complex system, it is necessary to add an appropriate force field to the ligand. One effective method is to use the CGenFF service, but it was found that this function does not support the alkyne/alkene structure, so a script was written to use GAFF to process small molecules.

Primary LanguagePerl

AMBER_calculate_for_gromacs

本脚本基于shell语言和perl语言实现了使用Amber力场自动化处理蛋白质和配体小分子，并对其复合物模型进行分子动力学处理的功能

前期准备

需要准备AmberTools套组

  conda create --name AmberTools23
  conda activate AmberTools23
  conda install -c conda-forge ambertools=23

perl.pl主要进行以下步骤

1，提取小分子的拓扑结构
2，将小分子的GAFF力场参数复制到AMBER14的力场文件中
3，修改topol.top的内容
4，为蛋白质和小分子分别添加位置限制

run.sh则负责为具有RESP电荷的小分子生成GAFF力场，并转换为gromacs可读的模式。

这一部分主要依靠antechamber,parmchk2,tleap和acpype实现

后续目标

实现RESP电荷的自动计算
简化生成ligand.top的步骤