Пайплайн для поиска и описания мутаций в геноме HDV
TODO:
- Создать docker-образ:
- Внутри образа создать необходимые директории
- Установить зависимости
- Определиться какие директории должны быть привязаны у пользователя
- Сделать универсальный пайплайн под разные вирусные гепатиты:
- Добавить возможность добавлять и выбирать референсные последовательности
- Оптимизировать пайплайн под работу в докере на любой ОС
- Подумать над способом передачи параметров программе и запуском протокола обработки. Нужен ли графический интерфейс?
- Модульная структура? Использование того или иного модуля в зависимости от задачи
Надо ли? Или отработать на скриптах, прежде чем переносить в докер?
- Дописать пайплайн в Jupyter notebook
- Создать начальные директории
- Положить файлы референсных последовательностей
- Написать install.sh для установки зависимостей
- Во время установки создать в корне директории bin/ и samples/
- В bin/ скачать и установить FastQC, Samtools, GATK, Minimap2