Taller para estudiantes de pregrado, postgrado, postdoctorados o académicos en general, cuyo objetivo principal o secundario involucre estudios genómicos. Se realizará entre el 31 de Julio y el 03 de Agosto en el laboratorio CEC D de 8:30 a 1:30 🕧.
Este workshop está orientado para estudiantes que no poseen experiencia en el área de genómica ni bioinformática, así otorgará las herramientas básicas y necesarias para iniciar las tareas fundamentales, orientado especialmente para la reconstrucción de genomas a partir de genomas de referencia. Estará estructurado de la siguiente forma:
Día 1: Familiarización del uso de la terminal bash en sistema operativo linux, aprendizaje de comandos básicos.
Día 2 : Herramientas genómicas de secuenciación: ¿Cómo se generan los reads genómicos? Construcción de scripts para el frontend. Verificación de la calidad de genomas completos. Uso de servidores de alta eficiencia (HPC).
Día 3: Consideraciones generales para la escogencia de genomas de referencia, atributos de los genomas de referencias. Diseño y construcción de scripts de backend, uso de schedulers. Importancia en el aprendizaje y verificación de parámetros/funciones en programas para reconstrucción de genomas. Limpieza de adaptadores, indexación de genomas de referencia, alineamiento contra genoma de referencia (obtención de archivos SAM).
Día 4: Filtro de calidad y obtención de archivos BAM. Ediciones generales de archivos BAM. Esta última sección => Marcaje/remoción de reads duplicados, obtención de índices BAM y realineamientos locales.