Instructions for running code
Example
python find_matches.py --query ctaac --input GCF_011064685.1_ZJU_Sfru_1.0_genomic.fna --num-flank-left 0 --num-flank-right 0 --output output.txt --clean-headers
Example output
>NC_049710.1-3-28-+-ctaacc
aaaccacacactaacccacccccccc
>NC_049710.1-28-57-+-ctaacctaac
ccccacctaactaacctaacacctaaccta
...