output missing coordinates
lidaof opened this issue · 8 comments
lidaof commented
Hi there,
I am using 4DN's paris format file as input for hickit, using the example command:
hickit -i raw.pairs.gz -u -o imput.pairs
hickit -i imput.pairs -Sr1m -c1 -r10m -c5 -b4m -b1m -b200k -D5 -b50k -D5 -b20k -O out.3dgI found the output is missing start coordinates for chr1-chr20, but not chrX, chrY
chr2a 0 -1.818954 1.493531 -5.620084
chr2b 0 4.254795 -4.561541 7.905511
chr3a 0 2.424335 3.373227 -9.298691
chr3b 0 0.449676 -10.038591 -5.889656
chr4a 0 2.350019 6.584120 5.889425
chr4b 0 2.474906 -2.600421 3.544572
chr5a 0 -5.798349 8.407583 -3.954249
chr5b 0 8.189928 -8.919828 -8.615604
chr6a 0 7.181607 -3.864324 1.255684
chr6b 0 -1.906425 6.496915 6.496125
chr7a 0 -5.096087 7.778643 4.016790
the imput.paris file looks ok seems:
## pairs format v1.0
#sorted: chr1-chr2-pos1-pos2
#shape: upper triangle
#chromosome: chr1 248956422
#chromosome: chr2 242193529
#chromosome: chr3 198295559
#chromosome: chr4 190214555
#chromosome: chr5 181538259
#chromosome: chr6 170805979
#chromosome: chr7 159345973
#chromosome: chr8 145138636
#chromosome: chr9 138394717
#chromosome: chr10 133797422
#chromosome: chr11 135086622
#chromosome: chr12 133275309
#chromosome: chr13 114364328
#chromosome: chr14 107043718
#chromosome: chr15 101991189
#chromosome: chr16 90338345
#chromosome: chr17 83257441
#chromosome: chr18 80373285
#chromosome: chr19 58617616
#chromosome: chr20 64444167
#chromosome: chr21 46709983
#chromosome: chr22 50818468
#chromosome: chrX 156040895
#chromosome: chrY 57227415
#columns: readID chr1 pos1 chr2 pos2 strand1 strand2 phase_prob00 phase_prob01 phase_prob10 phase_prob11
. chr1 14008 chr1 52561452 - + 0.250 0.250 0.250 0.250
. chr1 38945 chr1 198083121 - + 0.250 0.250 0.250 0.250
. chr1 49299 chr1 119935629 - + 0.250 0.250 0.250 0.250
. chr1 54768 chr1 210879990 + + 0.250 0.250 0.250 0.250
. chr1 57107 chr1 209270381 - - 0.250 0.250 0.250 0.250
. chr1 62219 chr1 112535551 - + 0.250 0.250 0.250 0.250
. chr1 62280 chr1 236736569 + + 0.250 0.250 0.250 0.250
. chr1 63198 chr1 45488095 + + 0.250 0.250 0.250 0.250
. chr1 66788 chr1 12398620 + + 0.484 0.016 0.016 0.484
. chr1 77141 chr1 221232814 - - 0.250 0.250 0.250 0.250
. chr1 79201 chr1 85899 + - 0.495 0.005 0.005 0.495
. chr1 79417 chr1 79566 + - 0.495 0.005 0.005 0.495
. chr1 79875 chr1 199799242 - - 0.250 0.250 0.250 0.250
. chr1 80118 chr1 109303287 + - 0.250 0.250 0.250 0.250
. chr1 81104 chr1 85754 - - 0.495 0.005 0.005 0.495
. chr1 81207 chr1 68546413 - - 0.250 0.250 0.250 0.250
. chr1 83749 chr1 83951 + - 0.495 0.005 0.005 0.495
. chr1 85677 chr1 96596 - - 0.495 0.005 0.005 0.495
can anyone suggest what may cause this problem? thank you so much in advance.
tanlongzhi commented
Hi Daofeng, can you attach your input file (i.e., raw.pairs.gz; or part of it)?
lidaof commented
sure, thank you @tanlongzhi for reply.
## pairs format v1.0.0
#sorted: chr1-chr2-pos1-pos2
#shape: upper triangle
#genome_assembly: unknown
#chromsize: chr1 248956422
#chromsize: chr2 242193529
#chromsize: chr3 198295559
#chromsize: chr4 190214555
#chromsize: chr5 181538259
#chromsize: chr6 170805979
#chromsize: chr7 159345973
#chromsize: chr8 145138636
#chromsize: chr9 138394717
#chromsize: chr10 133797422
#chromsize: chr11 135086622
#chromsize: chr12 133275309
#chromsize: chr13 114364328
#chromsize: chr14 107043718
#chromsize: chr15 101991189
#chromsize: chr16 90338345
#chromsize: chr17 83257441
#chromsize: chr18 80373285
#chromsize: chr19 58617616
#chromsize: chr20 64444167
#chromsize: chr21 46709983
#chromsize: chr22 50818468
#chromsize: chrX 156040895
#chromsize: chrY 57227415
#samheader: @SQ SN:chr1 LN:248956422
#samheader: @SQ SN:chr2 LN:242193529
#samheader: @SQ SN:chr3 LN:198295559
#samheader: @SQ SN:chr4 LN:190214555
#samheader: @SQ SN:chr5 LN:181538259
#samheader: @SQ SN:chr6 LN:170805979
#samheader: @SQ SN:chr7 LN:159345973
#samheader: @SQ SN:chr8 LN:145138636
#samheader: @SQ SN:chr9 LN:138394717
#samheader: @SQ SN:chr10 LN:133797422
#samheader: @SQ SN:chr11 LN:135086622
#samheader: @SQ SN:chr12 LN:133275309
#samheader: @SQ SN:chr13 LN:114364328
#samheader: @SQ SN:chr14 LN:107043718
#samheader: @SQ SN:chr15 LN:101991189
#samheader: @SQ SN:chr16 LN:90338345
#samheader: @SQ SN:chr17 LN:83257441
#samheader: @SQ SN:chr18 LN:80373285
#samheader: @SQ SN:chr19 LN:58617616
#samheader: @SQ SN:chr20 LN:64444167
#samheader: @SQ SN:chr21 LN:46709983
#samheader: @SQ SN:chr22 LN:50818468
#samheader: @SQ SN:chrX LN:156040895
#samheader: @SQ SN:chrY LN:57227415
#samheader: @SQ SN:chrM LN:16569
#samheader: @SQ SN:chr1_KI270706v1_random LN:175055
#samheader: @SQ SN:chr1_KI270707v1_random LN:32032
#samheader: @SQ SN:chr1_KI270708v1_random LN:127682
#samheader: @SQ SN:chr1_KI270709v1_random LN:66860
#samheader: @SQ SN:chr1_KI270710v1_random LN:40176
#samheader: @SQ SN:chr1_KI270711v1_random LN:42210
#samheader: @SQ SN:chr1_KI270712v1_random LN:176043
#samheader: @SQ SN:chr1_KI270713v1_random LN:40745
#samheader: @SQ SN:chr1_KI270714v1_random LN:41717
#samheader: @SQ SN:chr2_KI270715v1_random LN:161471
#samheader: @SQ SN:chr2_KI270716v1_random LN:153799
#samheader: @SQ SN:chr3_GL000221v1_random LN:155397
#samheader: @SQ SN:chr4_GL000008v2_random LN:209709
#samheader: @SQ SN:chr5_GL000208v1_random LN:92689
#samheader: @SQ SN:chr9_KI270717v1_random LN:40062
#samheader: @SQ SN:chr9_KI270718v1_random LN:38054
#samheader: @SQ SN:chr9_KI270719v1_random LN:176845
#samheader: @SQ SN:chr9_KI270720v1_random LN:39050
#samheader: @SQ SN:chr11_KI270721v1_random LN:100316
#samheader: @SQ SN:chr14_GL000009v2_random LN:201709
#samheader: @SQ SN:chr14_GL000225v1_random LN:211173
#samheader: @SQ SN:chr14_KI270722v1_random LN:194050
#samheader: @SQ SN:chr14_GL000194v1_random LN:191469
#samheader: @SQ SN:chr14_KI270723v1_random LN:38115
#samheader: @SQ SN:chr14_KI270724v1_random LN:39555
#samheader: @SQ SN:chr14_KI270725v1_random LN:172810
#samheader: @SQ SN:chr14_KI270726v1_random LN:43739
#samheader: @SQ SN:chr15_KI270727v1_random LN:448248
#samheader: @SQ SN:chr16_KI270728v1_random LN:1872759
#samheader: @SQ SN:chr17_GL000205v2_random LN:185591
#samheader: @SQ SN:chr17_KI270729v1_random LN:280839
#samheader: @SQ SN:chr17_KI270730v1_random LN:112551
#samheader: @SQ SN:chr22_KI270731v1_random LN:150754
#samheader: @SQ SN:chr22_KI270732v1_random LN:41543
#samheader: @SQ SN:chr22_KI270733v1_random LN:179772
#samheader: @SQ SN:chr22_KI270734v1_random LN:165050
#samheader: @SQ SN:chr22_KI270735v1_random LN:42811
#samheader: @SQ SN:chr22_KI270736v1_random LN:181920
#samheader: @SQ SN:chr22_KI270737v1_random LN:103838
#samheader: @SQ SN:chr22_KI270738v1_random LN:99375
#samheader: @SQ SN:chr22_KI270739v1_random LN:73985
#samheader: @SQ SN:chrY_KI270740v1_random LN:37240
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270302v1 LN:2274
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270304v1 LN:2165
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270303v1 LN:1942
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270305v1 LN:1472
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270322v1 LN:21476
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270320v1 LN:4416
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270310v1 LN:1201
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270316v1 LN:1444
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270315v1 LN:2276
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270312v1 LN:998
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270311v1 LN:12399
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270317v1 LN:37690
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270412v1 LN:1179
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270411v1 LN:2646
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270414v1 LN:2489
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270419v1 LN:1029
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270418v1 LN:2145
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270420v1 LN:2321
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270424v1 LN:2140
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270417v1 LN:2043
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270422v1 LN:1445
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270423v1 LN:981
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270425v1 LN:1884
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270429v1 LN:1361
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270442v1 LN:392061
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270466v1 LN:1233
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270465v1 LN:1774
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270467v1 LN:3920
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270435v1 LN:92983
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270438v1 LN:112505
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270468v1 LN:4055
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270510v1 LN:2415
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270509v1 LN:2318
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270518v1 LN:2186
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270508v1 LN:1951
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270516v1 LN:1300
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270512v1 LN:22689
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270519v1 LN:138126
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270522v1 LN:5674
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270511v1 LN:8127
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270515v1 LN:6361
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270507v1 LN:5353
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270517v1 LN:3253
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270529v1 LN:1899
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270528v1 LN:2983
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270530v1 LN:2168
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270539v1 LN:993
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270538v1 LN:91309
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270544v1 LN:1202
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270548v1 LN:1599
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270583v1 LN:1400
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270587v1 LN:2969
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270580v1 LN:1553
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270581v1 LN:7046
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270579v1 LN:31033
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270589v1 LN:44474
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270590v1 LN:4685
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270584v1 LN:4513
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270582v1 LN:6504
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270588v1 LN:6158
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270593v1 LN:3041
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270591v1 LN:5796
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270330v1 LN:1652
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270329v1 LN:1040
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270334v1 LN:1368
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270333v1 LN:2699
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270335v1 LN:1048
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270338v1 LN:1428
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270340v1 LN:1428
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270336v1 LN:1026
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270337v1 LN:1121
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270363v1 LN:1803
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270364v1 LN:2855
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270362v1 LN:3530
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270366v1 LN:8320
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270378v1 LN:1048
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270379v1 LN:1045
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270389v1 LN:1298
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270390v1 LN:2387
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270387v1 LN:1537
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270395v1 LN:1143
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270396v1 LN:1880
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270388v1 LN:1216
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270394v1 LN:970
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270386v1 LN:1788
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270391v1 LN:1484
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270383v1 LN:1750
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270393v1 LN:1308
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270384v1 LN:1658
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270392v1 LN:971
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270381v1 LN:1930
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270385v1 LN:990
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270382v1 LN:4215
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270376v1 LN:1136
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270374v1 LN:2656
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270372v1 LN:1650
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270373v1 LN:1451
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270375v1 LN:2378
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270371v1 LN:2805
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270448v1 LN:7992
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270521v1 LN:7642
#samheader: @SQ SN:chrUn_GL000195v1 LN:182896
#samheader: @SQ SN:chrUn_GL000219v1 LN:179198
#samheader: @SQ SN:chrUn_GL000220v1 LN:161802
#samheader: @SQ SN:chrUn_GL000224v1 LN:179693
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270741v1 LN:157432
#samheader: @SQ SN:chrUn_GL000226v1 LN:15008
#samheader: @SQ SN:chrUn_GL000213v1 LN:164239
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270743v1 LN:210658
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270744v1 LN:168472
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270745v1 LN:41891
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270746v1 LN:66486
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270747v1 LN:198735
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270748v1 LN:93321
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270749v1 LN:158759
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270750v1 LN:148850
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270751v1 LN:150742
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270752v1 LN:27745
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270753v1 LN:62944
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270754v1 LN:40191
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270755v1 LN:36723
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270756v1 LN:79590
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270757v1 LN:71251
#samheader: @SQ SN:chrUn_GL000214v1 LN:137718
#samheader: @SQ SN:chrUn_KI270742v1 LN:186739
#samheader: @SQ SN:chrUn_GL000216v2 LN:176608
#samheader: @SQ SN:chrUn_GL000218v1 LN:161147
#samheader: @SQ SN:chrEBV LN:171823
#samheader: @PG ID:bwa PN:bwa VN:0.7.17-r1188 CL:bwa mem -t 16 -SP5M GRCh38_no_alt_analysis_set_GCA_000001405.15.fasta fastq1 fastq2
#samheader: @PG ID:pairsam_parse PN:pairsam_parse CL:/usr/local/bin/pairsamtools parse -c /var/lib/cwl/stg9b234ca6-df0a-472b-9a4d-08cd6d8873c7/4DNFI823LSII.chrom.sizes --add-columns mapq P
#samheader: @PG ID:pairsam_sort PN:pairsam_sort CL:/usr/local/bin/pairsamtools sort --nproc 16 --compress-program lz4c --tmpdir . --output ./out.sam.pairs.gz PP:pairsam_parse VN:0.0.1-dev
#samheader: @PG ID:pairsam_dedup PN:pairsam_dedup CL:/usr/local/bin/pairsamtools dedup --mark-dups --output-dups - --output-unmapped - --output out.marked.sam.pairs.gz /var/lib/cwl/stgc4e920a6-d7
#samheader: @PG ID:pairsam_select PN:pairsam_select CL:/usr/local/bin/pairsamtools select (pair_type == "UU") or (pair_type == "UR") or (pair_type == "RU") --output-rest out.unmapped.sam.pairs.gz -
#samheader: @PG ID:pairsam_split PN:pairsam_split CL:/usr/local/bin/pairsamtools split --output-pairs temp1.gz temp.gz PP:pairsam_select VN:0.0.1-dev
#samheader: @PG ID:pairsam_select PN:pairsam_select CL:/usr/local/bin/pairsamtools select True --chrom-subset /var/lib/cwl/stga32a1616-8d5f-4331-9dc6-8cf0068deea5/4DNFI823LSII.chrom.sizes -o out.de
#columns: readID chrom1 pos1 chrom2 pos2 strand1 strand2 pair_type mapq1 mapq2
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1110:27661:6238 chr1 47094 chr1 47331 + - UU 25 13
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2222:26940:26758 chr1 48197 chr1 166020585 - - UU 13 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2223:4959:32806 chr1 51885 chr1 52094 + - UU 27 11
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1204:27539:18054 chr1 57040 chr1 57040 - - UU 13 13
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2208:4624:33809 chr1 62183 chr1 15200530 - + UU 11 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2102:5142:41528 chr1 62399 chr1 212684736 + + UU 25 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1217:22303:31910 chr1 65995 chr1 239964362 + - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2106:31426:32771 chr1 67223 chr1 95000 + + UU 13 35
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2101:1874:11987 chr1 67226 chr1 73814 + + UU 13 42
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2110:3498:29817 chr1 76829 chr1 235799111 + - UU 12 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1204:31101:33404 chr1 81234 chr1 88461 - + UU 12 12
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2217:11728:49001 chr1 84454 chr1 84709 + - UU 8 27
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1220:13078:8330 chr1 85707 chr1 1333050 + + UU 16 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1109:24890:6536 chr1 85958 chr1 85958 - - UU 6 6
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1103:25611:45203 chr1 87302 chr1 23151724 + + UU 1 35
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1112:7750:39787 chr1 88221 chr1 88492 + - UU 12 18
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1123:28879:45414 chr1 88279 chr1 88492 + - UU 12 24
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1213:13636:46575 chr1 91081 chr1 228835492 + + UU 1 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1103:15940:17755 chr1 101546 chr1 101546 + + UU 4 8
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2205:22962:30978 chr1 120290 chr1 196456930 - + UU 3 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1114:7354:32209 chr1 125439 chr1 90157400 - + UU 7 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2217:28838:12743 chr1 128767 chr1 43362012 - + UU 5 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1211:5325:30837 chr1 134629 chr1 244016777 + - UU 5 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2215:20649:45854 chr1 134657 chr1 88119962 + - UU 13 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2204:27559:18616 chr1 183595 chr1 183837 + - UU 9 22
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1210:23825:44500 chr1 190798 chr1 221751161 + - UU 32 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1113:15635:48104 chr1 268073 chr1 103444562 + + UU 6 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1219:18588:42284 chr1 507293 chr1 169388888 + + UU 12 3
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1127:5061:11073 chr1 598901 chr1 3653191 + - UU 7 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2222:19410:40403 chr1 598917 chr1 2310751 + - UU 16 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1103:29447:49107 chr1 598919 chr1 2310456 + + UU 16 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1223:10135:31646 chr1 629957 chr1 64086891 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2101:24332:8066 chr1 631346 chr1 200444438 + + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2227:5670:11003 chr1 631348 chr1 236426018 + + UU 15 5
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2204:13240:4497 chr1 631352 chr1 51553494 + - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1227:23389:29536 chr1 631356 chr1 215348236 + + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1103:30482:45766 chr1 631487 chr1 184667144 + + UU 1 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2116:13382:19865 chr1 631487 chr1 185534240 + - UU 1 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1106:25246:46012 chr1 631487 chr1 236426020 + + UU 1 12
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1219:6045:19988 chr1 631488 chr1 201720940 + - UU 4 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1216:11363:28428 chr1 631489 chr1 152962951 + + UU 8 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1120:12063:23874 chr1 631489 chr1 198894263 + - UU 8 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1221:18243:4233 chr1 631490 chr1 54524576 + - UU 11 32
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2206:32238:44904 chr1 631490 chr1 175094378 + + UU 11 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1109:1357:22098 chr1 631490 chr1 240133336 + - UU 11 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2216:24860:13552 chr1 631491 chr1 47889152 + + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1223:29183:34582 chr1 631491 chr1 176614319 + - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1224:14499:3934 chr1 631491 chr1 192249682 + + UU 15 15
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2215:21430:1595 chr1 631492 chr1 237857927 + - UU 15 15
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2126:10480:36464 chr1 631493 chr1 22598150 + - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2214:10967:22713 chr1 631493 chr1 39550066 + + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2117:12114:39471 chr1 631493 chr1 40321375 + - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1201:29224:31488 chr1 631493 chr1 152959249 + + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1120:13321:48175 chr1 631495 chr1 10779886 + + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2227:24647:48280 chr1 631495 chr1 46537868 + + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1102:10876:7187 chr1 631495 chr1 168561356 + - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2124:10490:14924 chr1 631495 chr1 211699311 + + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2225:29599:15821 chr1 631495 chr1 237590702 + + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2109:21805:20533 chr1 631496 chr1 33807624 + + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1226:1783:45520 chr1 631496 chr1 60708138 + - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1128:10460:11706 chr1 631496 chr1 164148427 + - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1211:20537:14994 chr1 631496 chr1 213187638 + - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1211:18132:8400 chr1 631499 chr1 2775318 + - UU 15 7
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2201:19715:28340 chr1 631500 chr1 63737686 + - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2212:29122:30749 chr1 631500 chr1 74429805 + - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1224:13920:7082 chr1 631500 chr1 201155648 + + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1120:15828:41159 chr1 631500 chr1 201886428 + + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1207:3985:16418 chr1 631500 chr1 229019193 + - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2216:14083:2650 chr1 631501 chr1 78253479 + + UU 15 60K00284:80:HKYJNBBXX:2:1105:23317:6519 chr1 631501 chr1 230362351 + + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1127:15960:22397 chr1 631502 chr1 70743702 + - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1119:29457:13746 chr1 631502 chr1 224318535 + + UU 15 50
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1215:4888:6027 chr1 631503 chr1 7914049 + - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2124:22374:26969 chr1 631503 chr1 231484359 + - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1121:24870:5552 chr1 631504 chr1 196564364 + + UU 11 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1227:6177:21377 chr1 631504 chr1 226005559 + + UU 11 53
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2215:11972:39189 chr1 631505 chr1 37875291 + + UU 7 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2226:5741:7820 chr1 631505 chr1 114549694 + - UU 7 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1216:8897:34002 chr1 631506 chr1 8482551 + - UU 4 18
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1222:17218:15363 chr1 631506 chr1 42408701 + - UU 4 25
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2201:7699:26230 chr1 631506 chr1 96138121 + + UU 4 22
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1215:28787:45010 chr1 631506 chr1 178902117 + + UU 4 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2207:32593:18722 chr1 631506 chr1 182611883 + - UU 3 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2216:17746:25457 chr1 631506 chr1 233782597 + + UU 4 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1212:32045:14467 chr1 632918 chr1 29991893 - - UU 2 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1103:27042:20322 chr1 634009 chr1 145440802 + + UU 15 33
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1109:31111:15065 chr1 634030 chr1 9271383 - - UU 4 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2217:17300:32384 chr1 634033 chr1 183779380 - + UU 15 50
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1206:24657:41546 chr1 634033 chr1 240662551 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1106:24160:28375 chr1 634034 chr1 33974826 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1203:27894:30485 chr1 634034 chr1 110631278 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1203:6329:35145 chr1 634035 chr1 184624710 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2220:25844:21447 chr1 634035 chr1 193744381 - + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2201:11992:17104 chr1 634037 chr1 634037 - - UU 15 27
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1123:15300:47805 chr1 634037 chr1 21505105 - - UU 15 35
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1225:29944:24226 chr1 634037 chr1 38883008 - + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2126:22891:8594 chr1 634037 chr1 94057562 - + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1225:7354:32771 chr1 634037 chr1 112041583 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2226:4249:30063 chr1 634037 chr1 119923641 - + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1223:3985:4743 chr1 634037 chr1 147329539 - - UU 15 3
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1224:2838:20410 chr1 634037 chr1 169401963 - + UU 15 35
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2217:2737:44711 chr1 634037 chr1 203933635 - - UU 15 13
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2111:11698:33264 chr1 634037 chr1 208034005 - + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2227:32065:43023 chr1 634037 chr1 232788703 - + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2226:10115:40227 chr1 634037 chr1 240756662 - - UU 15 53
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2109:21065:10669 chr1 634037 chr1 246198594 - + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1203:1265:16665 chr1 634038 chr1 9166901 - + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2206:16711:5587 chr1 634038 chr1 96006382 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1118:9191:33809 chr1 634038 chr1 215846240 - + UU 15 15
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1123:13200:1543 chr1 634038 chr1 246956879 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2217:22719:28692 chr1 634039 chr1 65676145 - + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2109:2443:6361 chr1 634039 chr1 93543339 - + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2112:20101:29923 chr1 634039 chr1 243883261 - + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2124:12266:8928 chr1 634040 chr1 25519809 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1225:13261:16770 chr1 634040 chr1 54836947 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2228:6614:19636 chr1 634040 chr1 64235374 - + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2121:28483:38398 chr1 634040 chr1 97274914 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1216:12773:11812 chr1 634040 chr1 161502081 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1225:8278:32437 chr1 634040 chr1 190867273 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2221:2737:34688 chr1 634041 chr1 25988357 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1221:5649:35233 chr1 634041 chr1 89922480 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1204:24424:40473 chr1 634041 chr1 241316838 - + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2218:7892:15522 chr1 634042 chr1 181302313 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1105:26920:42829 chr1 634043 chr1 26666225 - - UU 15 28
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2118:22688:38943 chr1 634043 chr1 33261856 - + UU 13 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1127:19755:43533 chr1 634044 chr1 214946289 - + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1225:20882:13799 chr1 634045 chr1 168690150 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2220:10094:23346 chr1 634046 chr1 71603165 - + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1117:6370:28709 chr1 634046 chr1 246332767 - + UU 15 13
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1110:19228:3442 chr1 634047 chr1 11113765 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2228:31223:14519 chr1 634047 chr1 36902473 - - UU 13 6
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1108:19157:14678 chr1 634047 chr1 209579221 - + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2216:25601:43744 chr1 634048 chr1 205103703 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2104:7172:29079 chr1 634050 chr1 114405141 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1216:2351:1842 chr1 634051 chr1 45737769 - - UU 15 32
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2121:12926:17386 chr1 634051 chr1 54592739 - + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1103:15767:12990 chr1 634052 chr1 943859 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2228:7811:27232 chr1 634054 chr1 19743059 - - UU 15 15
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1104:4970:32789 chr1 634055 chr1 35541278 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1212:2899:34477 chr1 634056 chr1 77675763 - + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2228:26778:40297 chr1 634057 chr1 239394213 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1126:23876:8506 chr1 634059 chr1 93273864 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2210:3214:4673 chr1 634059 chr1 114093466 - + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1216:22435:35303 chr1 634059 chr1 239588524 - + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1121:18223:43023 chr1 634060 chr1 168040025 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1217:31000:33721 chr1 634061 chr1 226359091 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1113:2189:17456 chr1 634061 chr1 234120903 - - UU 14 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2108:27864:34688 chr1 634062 chr1 55178937 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1228:5112:24454 chr1 634063 chr1 218182491 - + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2124:30929:7750 chr1 634068 chr1 204470467 - - UU 15 1
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1225:28625:20287 chr1 634071 chr1 233241650 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2211:28189:2686 chr1 634075 chr1 235758593 - - UU 11 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1124:26555:32209 chr1 634076 chr1 39821157 - - UU 8 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1201:28209:40491 chr1 634077 chr1 194735850 - + UU 4 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1201:14489:16436 chr1 634078 chr1 49894433 - - UU 1 39
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1115:26443:41827 chr1 653473 chr1 16269469 - - UU 10 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2203:17584:10018 chr1 653483 chr1 920454 - + UU 60 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2213:16569:6009 chr1 653486 chr1 8971494 - + UU 10 39
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1220:18599:3196 chr1 653499 chr1 1241379 - - UU 2 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2206:9465:23663 chr1 656727 chr1 7949945 - - UU 24 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2217:17462:37167 chr1 656732 chr1 13544324 - - UU 22 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1206:15737:5974 chr1 667471 chr1 72397079 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2108:3813:38275 chr1 668258 chr1 3533335 - - UU 20 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2217:9780:26107 chr1 692040 chr1 4678489 + - UU 8 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1201:16031:2650 chr1 699034 chr1 7264993 + - UU 8 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1221:2087:47911 chr1 699044 chr1 931889 + + UU 9 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2219:16478:44289 chr1 701537 chr1 10404948 - + UU 9 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2204:29680:40262 chr1 711272 chr1 13865529 - - UU 6 35
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1106:19563:28745 chr1 713477 chr1 22496723 + + UU 48 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1104:6411:43339 chr1 713980 chr1 2936332 + + UU 6 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2112:25499:24331 chr1 715809 chr1 5813469 + - UU 22 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1118:19329:46029 chr1 716200 chr1 13812460 + - UU 8 50
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1218:27813:10018 chr1 717332 chr1 797352 - - UU 6 15
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2119:27742:20199 chr1 717356 chr1 2908094 - + UU 5 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1202:24688:7099 chr1 727275 chr1 1237451 - - UU 1 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1106:5244:34459 chr1 727318 chr1 1861888 - + UU 10 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1218:23805:27865 chr1 729915 chr1 5373954 + + UU 3 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1115:29203:3881 chr1 730145 chr1 4989520 - - UU 8 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2108:18335:36710 chr1 730146 chr1 28321367 - + UU 10 13
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2223:25357:34354 chr1 740847 chr1 4604065 - - UU 13 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1102:30289:13675 chr1 744172 chr1 929559 - + UU 5 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2121:25702:1297 chr1 744177 chr1 4696330 - + UU 5 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1225:21755:19566 chr1 749392 chr1 1624742 - + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1226:9130:45731 chr1 749400 chr1 2221544 - + UU 15 18
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1221:14884:38539 chr1 749410 chr1 1106041 - + UU 53 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1207:23043:29008 chr1 755216 chr1 2223807 - - UU 8 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2210:8237:46469 chr1 756807 chr1 2063749 + + UU 3 42
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1219:24880:27619 chr1 756843 chr1 1974353 + + UU 19 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1205:27367:6431 chr1 757808 chr1 6980227 - + UU 12 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1106:15168:19900 chr1 761295 chr1 85895989 - + UU 6 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2203:27275:34407 chr1 761305 chr1 1398673 - + UU 7 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1227:25327:16753 chr1 762342 chr1 7645713 + - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1123:23449:17157 chr1 765483 chr1 5121426 - - UU 8 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1112:29883:13500 chr1 766394 chr1 3779936 + + UU 14 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1107:6360:1930 chr1 766455 chr1 1791500 + - UU 8 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1222:12702:45520 chr1 766709 chr1 6493251 - + UU 2 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2126:25702:27567 chr1 768884 chr1 10512341 + + UU 35 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2119:20121:18177 chr1 769005 chr1 222514589 + - UU 3 24
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2225:11840:32279 chr1 769038 chr1 10494799 - - UU 8 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2112:16549:13816 chr1 769058 chr1 70692951 - - UU 7 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2215:23023:19900 chr1 769217 chr1 6004934 - - UU 18 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1124:21156:25773 chr1 770121 chr1 6827130 - + UU 6 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2214:11109:29747 chr1 770406 chr1 16298670 + + UU 8 42
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1123:8329:40649 chr1 770436 chr1 1949181 + + UU 60 24
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1104:21805:5798 chr1 770456 chr1 4093174 + + UU 35 20
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2201:25875:45133 chr1 770457 chr1 5009447 + + UU 35 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1106:12043:31892 chr1 770474 chr1 1672977 + + UU 60 42
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2202:3143:5147 chr1 770500 chr1 19199785 + + UU 22 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1215:1692:32103 chr1 770967 chr1 6820832 + - UU 8 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2109:31101:12128 chr1 770981 chr1 208517818 + + UU 7 13
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2205:17777:22661 chr1 771045 chr1 19032341 - - UU 7 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1219:19218:42495 chr1 771659 chr1 2538449 - + UU 7 53
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2220:3457:29044 chr1 771659 chr1 4728308 - - UU 14 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2124:14702:4532 chr1 771660 chr1 896859 - + UU 14 28
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2223:16447:32420 chr1 771727 chr1 3396194 - + UU 7 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1210:9577:32367 chr1 771737 chr1 2041563 - - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1211:2737:29800 chr1 771742 chr1 3055902 - + UU 22 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1128:11069:11812 chr1 771744 chr1 3923881 - - UU 32 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1103:17685:40789 chr1 771748 chr1 9448809 - + UU 35 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2204:8278:39436 chr1 771755 chr1 1465692 - - UU 35 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1215:8765:16893 chr1 771766 chr1 13732014 - + UU 8 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1208:2909:26617 chr1 771772 chr1 18992891 - + UU 6 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1203:21643:13992 chr1 771774 chr1 12727385 - + UU 8 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1125:27590:45080 chr1 771775 chr1 11997038 - - UU 8 46
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2104:25966:45010 chr1 772612 chr1 6136974 + - UU 8 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2225:21572:7785 chr1 774715 chr1 6362785 + - UU 8 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2216:28828:29958 chr1 774770 chr1 2403489 + + UU 7 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1115:29264:33633 chr1 774785 chr1 2346220 + + UU 8 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1203:3843:12726 chr1 774804 chr1 2909321 + - UU 10 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2124:26778:34530 chr1 775329 chr1 3927629 + + UU 3 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2118:30360:8066 chr1 775365 chr1 2470223 + - UU 7 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2201:15260:23716 chr1 775441 chr1 2044585 + - UU 8 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2122:25855:20902 chr1 775479 chr1 47520002 + - UU 18 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2219:31720:20797 chr1 776034 chr1 209570691 - + UU 3 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1206:19238:48438 chr1 776939 chr1 9135665 - + UU 6 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2227:28493:39752 chr1 776949 chr1 1234382 - + UU 6 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1102:22820:36394 chr1 777381 chr1 2534791 + + UU 14 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1209:5518:48474 chr1 777454 chr1 25214155 + - UU 10 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2203:29406:31664 chr1 777897 chr1 49388602 - - UU 32 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1121:15798:46100 chr1 777906 chr1 1220612 - - UU 32 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2102:5589:35725 chr1 777917 chr1 4935584 - + UU 50 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2121:27072:8875 chr1 777919 chr1 779833 - - UU 50 13
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1207:30807:13834 chr1 777935 chr1 6300287 - + UU 11 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1113:27478:34266 chr1 777936 chr1 1317807 - + UU 11 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2208:3315:3758 chr1 778047 chr1 20669024 - + UU 46 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1126:17198:26054 chr1 778773 chr1 10482422 + - UU 15 32
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1211:14215:24120 chr1 778875 chr1 17516533 + - UU 35 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1102:22252:40965 chr1 778890 chr1 1052076 + - UU 42 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2213:15158:2721 chr1 779090 chr1 7712356 + + UU 27 42
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2122:6705:15856 chr1 779200 chr1 3919578 - + UU 22 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2226:31355:34231 chr1 779233 chr1 1774825 + + UU 42 35
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2101:4137:36552 chr1 779235 chr1 3499445 - - UU 39 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1204:17320:6044 chr1 779252 chr1 2008334 + + UU 18 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2120:27316:12251 chr1 779275 chr1 18121200 - + UU 12 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1102:7253:38855 chr1 779294 chr1 74123426 - - UU 18 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2216:3143:28569 chr1 779335 chr1 8155576 + - UU 11 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2123:1753:41950 chr1 779721 chr1 1322349 + - UU 34 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1120:27833:2211 chr1 779750 chr1 68210496 - + UU 35 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2102:7862:24366 chr1 779827 chr1 6525852 - + UU 13 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2203:8055:11372 chr1 779862 chr1 6124920 - - UU 12 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2111:29285:35426 chr1 779875 chr1 1090012 - + UU 1 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1119:16417:5147 chr1 779967 chr1 2952917 - + UU 1 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2218:1326:27004 chr1 780019 chr1 2552296 - + UU 42 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2228:6228:13939 chr1 780627 chr1 1019312 + - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2111:15828:13060 chr1 780634 chr1 28233872 + - UU 15 35
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1215:24556:5112 chr1 780717 chr1 1219149 + + UU 11 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2119:31324:45994 chr1 780726 chr1 14750676 + + UU 12 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2127:18010:35444 chr1 780733 chr1 15414019 + + UU 12 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1108:16812:11741 chr1 780749 chr1 6343925 + - UU 1 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1123:10774:43902 chr1 781086 chr1 1448568 - - UU 13 19
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1106:23744:4620 chr1 783190 chr1 2460948 + + UU 60 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2107:12723:21219 chr1 783195 chr1 4336502 + + UU 60 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1214:14915:23540 chr1 783514 chr1 1460882 - - UU 60 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2128:13210:5358 chr1 783515 chr1 2527568 - - UU 60 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1226:29203:29413 chr1 783520 chr1 1904702 - - UU 60 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2109:1824:22801 chr1 783529 chr1 2275850 - - UU 35 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1104:20679:6554 chr1 783692 chr1 9184619 - - UU 12 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2123:10957:11829 chr1 785035 chr1 18882803 + - UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2227:13098:42935 chr1 785255 chr1 224008347 + - UU 39 15
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1205:18812:16999 chr1 785307 chr1 1131265 - + UU 22 51
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2220:25459:47401 chr1 785534 chr1 2651586 - - UU 1 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1123:5619:38205 chr1 785944 chr1 968579 + + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2117:26524:29835 chr1 785999 chr1 13313756 + - UU 15 12
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2121:4330:38082 chr1 786339 chr1 4787286 + - UU 9 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1123:11170:24753 chr1 786714 chr1 6046444 - - UU 60 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2221:17584:19795 chr1 787301 chr1 12763886 - + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2117:27225:20674 chr1 787322 chr1 4545304 - + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2205:31741:42706 chr1 787725 chr1 11958211 + + UU 15 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2214:32441:39805 chr1 787898 chr1 4479626 + - UU 35 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2113:18710:44675 chr1 787912 chr1 8554248 + - UU 35 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1215:19999:9772 chr1 788011 chr1 1125292 - - UU 27 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1206:19898:11425 chr1 788381 chr1 2637874 - + UU 39 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:1221:4107:43533 chr1 788420 chr1 3215545 - - UU 60 60
K00284:80:HKYJNBBXX:2:2210:8288:27004 chr1 788421 chr1 14868971 - + UU 60 60
tanlongzhi commented
Looks like you don't have phase information, which is required for 3D modeling of diploid cells.
Best,
Tan
lidaof commented
Thank you @tanlongzhi . Where can I get the phase info? or can I continue 3D modeling without phase info? (like remove -S option?)
tanlongzhi commented
To identify which contacts came from which allele (maternal or paternal), you'll need a list of phased heterozygous SNPs of your donor. In the case of the GM12878 cell line, we downloaded the SNP file for the donor (NA12878) from the Illumina website.
Currently, we cannot yet 3D model a cell without phase information, unless it's haploid.
lidaof commented
Thank you @tanlongzhi . I am actually trying to run on a bulk hic dataset...see if it works..I will try without -S see how it goes. Thank you again!
tanlongzhi commented
Thanks for the explanation. Currently, this repo cannot yet model bulk Hi-C data (which are an ensemble of structures). There're other labs that model Hi-C data, which might be useful for you.
lidaof commented
thank you @tanlongzhi