/EasyMetagenome

Easy Metagenome Pipeline 2019 (1.0)

Primary LanguageShellGNU General Public License v3.0GPL-3.0

易宏基因组(EasyMetagenome)——最简单易学易用的宏基因组分析流程

版本:EasyMetagenome v1.11

更新时间:2021/5/7

文件介绍

  • 1SoftDb.sh:软件和数据库安装
  • 2Pipeline.sh:分析流程
  • 3StatPlot.sh:统计和可视化代码

Shell代码兼容Markdown格式,可使用有道云笔记中Markdown笔记中查看,有目录导航更方便浏览和阅读。

各文档附录部分为常见问题,供参考。

使用方法

在64位版本系统,如Ubuntu 18.04/20.04,CentOS7/8的系统,按代码1,2,3逐步运行

在命令行,或RStudio的Shell环境下使用,可以有道云笔记中显示代码目录,方便预览大纲

引用

使用此流程代码,请引用:

Yong-Xin Liu, Yuan Qin, Tong Chen, Meiping Lu, Xubo Qian, Xiaoxuan Guo & Yang Bai. (2021). A practical guide to amplicon and metagenomic analysis of microbiome data. Protein & Cell 12, 315-330, doi: https://doi.org/10.1007/s13238-020-00724-8