/gmxoutchg_py

Extract atomic charges from formatted .tpr file (For gromacs 2018.8).

Primary LanguagePythonMIT LicenseMIT

gmxoutchg_py是gmxoutchg的python版本。其操作方法与gmxoutchg完全一致。目前该软件只对gromacs 2018.8兼容，对其他版本的gromacs兼容性未知。gmxoutchg_py.exe为Windows版可执行文件，gmxoutchg_py.py为gmxoutchg_py的python源代码。charge.tcl为使VMD读入电荷信息的TCL脚本。

使用方法

  • Step1: 将gromacs产生的二进制tpr文件转换采用gmx dump -s XX.tpr > dump.txt(XX.tpr为需要转换的tpr文件)转换成dump.txt文件。
  • Step2: 将dump.txt文件放置在gmxoutchg_py.exe同级目录下。启动gmxoutchg_py.exe。随后，就可以看到如下图所示的界面。 
    Extract atomic charges from formatted .tpr file (For gromacs 2018.8)
Version 1.0, release date: 2024-Jun-20
Programmed by Jian Zhang (jian_zhang@cug.edu.cn)

Loading dump.txt!!!
Number of molecular type:         5
Number of atoms in molecular type LI (Number of molecular):         1 (11)
Number of atoms in molecular type MG (Number of molecular):         1 (11)
Number of atoms in molecular type CL (Number of molecular):         1 (33)
Number of atoms in molecular type SOL (Number of molecular):         3 (1703)
Number of atoms in molecular type COF (Number of molecular):       228 (5)
Number of molecules:      1763
charge.txt has been successfully created in this folder
Press Enter to exit...
  • Step3: 键入回车即可关闭该界面，然后在该目录下生成了charge.txt文件。charge.txt文件内容如下。 
      1.000000       1           1
  1.000000       2           2
  1.000000       3           3
  1.000000       4           4
  1.000000       5           5
  1.000000       6           6
  1.000000       7           7
  1.000000       8           8
  1.000000       9           9
  1.000000      10          10
  1.000000      11          11
  2.000000      12          12
  2.000000      13          13
  2.000000      14          14
  2.000000      15          15
  ...
    文件中的第一列、第二列和第三列分别是原子电荷、分子序号和原子序号。

鸣谢

在开发gmxoutchg_py的过程中，参考了gmxoutchg的Fortran源码。此外，还使用到了dataclasses库中的dataclass，collections库中的OrderedDict以及re库和PyInstaller库。在此对上述库或程序的开发者表示感谢。

TODO list

  • 采用C++进行编写，无需利用gmx dump对tpr文件进行转换，程序直接处理tpr文件。

许可证

gmxoutchg_py基于MIT许可证开源。这意味着您可以自由地使用，修改和分发代码。