Project Overview

Create Structure for branches (Not Recommended, we can fork the branch by checkout from the existing branch)

安装Python，设置环境变量

下载Python安装程序，安装Python

设置环境变量

Python 本机安装路径

将安装路径填入环境变量

成功加入环境变量后可以查询

where Python

安装Git，设置Global用户名及邮箱

下载Git安装程序，安装Git

git config --global user.name "Your Name"
git config --global user.email "youremail@example.com"

Git常用指令

Git Cheatsheet

Clone项目至VS Code

通过Git克隆项目

git clone ssh://git@ssh-gitlabce.apps.dit-prdocp.novartis.net:32222/dos/ddf.git

Check out至DEV分支

切换到DEV分支

git checkout develop

安装虚拟环境及项目依赖

# 创建虚拟环境
python -m venv venv
# 激活虚拟环境
venv\Scripts\activate
# 修改虚拟环境里的环境变量以引入不同文件夹的module路径
venv/Scripts/activate 文件：
export PYTHONPATH="$PYTHONPATH:/path/to/your/module"

# 安装项目依赖
pip install -r requirements.txt
# 开发项目代码
# 生成项目依赖
pip freeze > requirements.txt

### 退出虚拟环境
```bash
deactivate

开发项目代码，推送到远程仓库

可使用VSCODE 自带Source Control插件完成,虚拟环境如果没有明明成venv，请把对应名称添加至项目忽略文件，否则会上传至Gitlab项目文件夹

项目模拟数据集生成逻辑（待完善）

1.针对Metadata_vars.json 默认输出以第一个键为单位的的数据集里的所有变量，组成一个数据集。即AE,DS,LB等等，需要一个模块让用户选择生成哪些数据集 1.第一行是metadata各个变量的名字 2.第二行是对应的Variable Label 然后按照metadata里约定的属性来生成变量，优先级如下： 1.有Controlled Terms, Codelist or Format的，随机生成Controlled Terms, Codelist or Format里的某个值 1.1 Controlled Terms, Codelist or Format 为ISO 8601 datetime or interval的，生成符合这个标准的时间 1.2 COUNTRY 变量，生成 ISO 3166-1 Alpha-3 标准的三位国家代码 1.3 Controlled Terms, Codelist or Format为空的，按照Type生成变量，Char生成"NA' "Num"生成".". 完成这些后，我们再对这一步生成的数据集做进一步逻辑处理，即用户要用另一个文件来约定这些受控术语缺失的应该生成什么，这一步将在另一个data_generator_2中完成。

Pending Task 20240513

data_generator_2 :

add another detaileed metadata file per Novartis stage/reference metadata, to add the information for Char/Num format and special values such as MedDRA,WHODrug

data_generator_3 :

add another logic file to define the connection logic of the varibles within One dataset

data_generator_4 :

add another logic file to define the connection logic with different datasets

data_generator_5:

Wrong/right datasets

data_generator_6:

CDASH/ADAM datasets

luisboullosa/Dummy-data