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生物信息学实践

格物致知 知行合一

本书是在清华大学《生物信息学导论》上机指南的基础上编写。

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鲁志

2016年6月于清华园

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预修课程准备

1. 基本生物课程：如《遗传学》或《分子生物学》

2. 基本统计课程：如《概率论》或《生物统计》

3. 基本数学课程：如《线性代数》

4. 基本物理课程：如《物理化学》或《生物物理》

5. 基本计算机课程：如 C语言

推荐教材和参考书

推荐教材:

《生物信息学》主编：樊龙江

参考书：

生物信息：

1. 《生物信息学》（第2版）李霞，雷健波，李亦学 等 编

2. 《Bioinformatics and Functional Genomics》 by Jonathan Pevsner

编程相关：

1. Linux: 《鸟哥的Linux私房菜-基础学习篇》， 主要学习以下2部分

   • Editor (e.g. VIM)
   • Shell Script (e.g. bash)

   推荐章节：
   第5章
   5.3.1 man page

   第6章

   6.1用户与用户组

   6.2 LINUX文件权限概念

   6.3 LINUX目录配置

   第7章Linux文件与目录管理

   7.1目录与路径

   7.2文件与目录管理

   7.3文件内容查阅

   7.5命令与文件的查询

   7.6权限与命令间的关系

   第8章

   8.2文件系统的简单操作

   第9章

   9.1压缩文件的用途与技术

   9.2 Linux系统常见的压缩命令

   9.3打包命令：tar

   第10章vim程序编辑器

   第11章 认识与学习bash

   第12章 正则表达式与文件格式化处理

   第13章 学习shell script

   第25章LINUX备份策略

   25.2.2完整备份的差异备份

   25.3鸟哥的备份策略

   25.4灾难恢复的考虑

   25.5重点回顾

2. Python (or Perl)

   • 《笨办法学 Python》（《Learn Python The Hard Way》）online version
   • 《Python编程入门》
   • http://www.pythonlearn.com/
   • 《Beginning Perl for Bioinformatics》

3. R (or MATLAB):

   • Quick R (online)
   • 《R语言实战》 (《R in action》)

4. 《Bioinformatics Data Skills》

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如何参与

任何问题都欢迎直接联系我们:

• 鲁 志 实验室
• 地址: 清华大学 生命科学学院
• 电话: 010-6278-9217
• 电子邮箱: lulab AT biomed.tsinghua.edu.cn
• 主页: http://bioinfo.life.tsinghua.edu.cn
• 著作: http:// www.gitbook.com/@lulab
• 编程: http://github.com/lulab
• 软件: http://software.ncrnalab.org

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许可证

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贡献者列表

成员	联系方式	Github
Zhi J. Lu	http://bioinfo.life.tsinghua.edu.cn	http://github.com/lulab
Siqi Wang	http://bioinfo.life.tsinghua.edu.cn	-
Gang Xu	http://bioinfo.life.tsinghua.edu.cn	-

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