ValueError: invalid literal for int() with base 10: 'ERROR: Could not open file'
GerardYu opened this issue · 3 comments
Hi Maarten
i encountered the following error. Not sure what's wrong. Would greatly appreciate your help. Thanks in advance!
------------------------------- RUNNING ICA-AROMA -------------------------------
--------------- 'ICA-based Automatic Removal Of Motion Artifacts' ---------------
Step 1) MELODIC
Step 2) Automatic classification of the components
- registering the spatial maps to MNI
terminate called after throwing an instance of 'RBD_COMMON::BaseException' - extracting the CSF & Edge fraction features
Traceback (most recent call last):
File "../../ICA-AROMA/ICA_AROMA.py", line 213, in
edgeFract, csfFract = aromafunc.feature_spatial(fslDir, outDir, scriptDir, melIC_MNI)
File "/bcs/projects/gerard_TDCSCogTraining/cross/REST/ICA-AROMA/ICA_AROMA_functions.py", line 359, in feature_spatial
numICs = int(subprocess.getoutput('%sfslinfo %s | grep dim4 | head -n1 | awk '{print $2}'' % (fslDir, melIC) ))
ValueError: invalid literal for int() with base 10: 'ERROR: Could not open file'
something is going wrong with your registration step and accordingly, it can't find the needed file. Check that your .feat directory contains all registrations steps etc.
i dont know if this is related but i ran the command
"../../Python-2.7.16/python ../../ICA-AROMA/ICA_AROMA.py -in filtered_func_data.nii.gz -out ICA_AROMA -affmat reg/example_func2highres.nii.gz -warp reg/highres2standard_warp.nii.gz -mc mc/prefiltered_func_data_mcf.par"
in the subject's feat folder, and i got this:
"The specified input file does not exist.
The specified mc file does does not exist.
The specified affmat file does not exist.
The specified warp file does not exist."
However if i spell out the full path:
"../../Python-2.7.16/python ../../ICA-AROMA/ICA_AROMA.py -in /bcs/projects/gerard_TDCSCogTraining/cross/REST/001/s1001REST.feat/filtered_func_data.nii.gz -out /bcs/projects/gerard_TDCSCogTraining/cross/REST/001/test -affmat /bcs/projects/gerard_TDCSCogTraining/cross/REST/001/s1001REST.feat/reg/example_func2highres.nii.gz -warp /bcs/projects/gerard_TDCSCogTraining/cross/REST/001/s1001REST.feat/reg/highres2standard_warp.nii.gz -mc /bcs/projects/gerard_TDCSCogTraining/cross/REST/001/s1001REST.feat/mc/prefiltered_func_data_mcf.par"
i am able to proceed with ICA-AROMA until the error at step 2 (as described in the original post).
I've checked that all these files exist in where they are supposed to be, and can be opened with viewers without any issues.
The feat preprocessing ran fine without any errors. I have pasted the output of find $pwd in the subject's feat directory below
./logs
./logs/feat1
./logs/feat9
./logs/feat0_init.o73098
./logs/feat0_init.e73098
./logs/feat1a_init
./logs/feat2_pre.o73856
./logs/feat2_pre.e73856
./logs/feat2_pre
./logs/feat5_stop.o80324
./logs/feat5_stop.e80324
./logs/feat0
./report_log.html
./design.fsf
./design.min
./design.frf
./design.mat
./design.trg
./design.con
./design_cov.ppm
./design_cov.png
./design.ppm
./design.png
./.files
./.files/fsl.css
./.files/images
./.files/images/fsl-macos-snapshot.tiff
./.files/images/fsl-bg
./.files/images/fslstart.jpg
./.files/images/fsl-bg.jpg
./.files/images/fsl-logo.png
./.files/images/fugue-bg.jpg
./.files/images/fsl-logo.gif
./.files/images/flirt-bg.jpg
./.files/images/fsl-logo.jpg
./.files/images/vert2.png
./.files/images/3.1r.jpg
./.files/images/fsl-logo-big.jpg
./.files/images/fslstart.png
./.files/images/tick.gif
./.files/images/3.jpg
./report_stats.html
./report_poststats.html
./example_func.nii.gz
./reg
./reg/example_func.nii.gz
./reg/highres.nii.gz
./reg/highres_head.nii.gz
./reg/standard.nii.gz
./reg/standard_head.nii.gz
./reg/standard_mask.nii.gz
./reg/example_func2highres_fast_wmseg.nii.gz
./reg/example_func2highres_fast_wmedge.nii.gz
./reg/example_func2highres_init.mat
./reg/example_func2highres.mat
./reg/example_func2highres.nii.gz
./reg/highres2example_func.mat
./reg/example_func2highres.png
./reg/highres2standard.mat
./reg/highres2standard_linear.nii.gz
./reg/highres_head_to_standard_head.log
./reg/highres2standard_warp.nii.gz
./reg/highres2highres_jac.nii.gz
./reg/highres2standard.nii.gz
./reg/standard2highres.mat
./reg/highres2standard.png
./reg/example_func2standard.mat
./reg/example_func2standard_warp.nii.gz
./reg/example_func2standard.nii.gz
./reg/standard2example_func.mat
./reg/example_func2standard1.png
./reg/example_func2standard.png
./report_unwarp.html
./report_reg.html
./mc
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0000
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0001
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0002
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0003
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0004
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0005
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0006
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0007
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0008
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0009
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0010
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0011
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0012
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0013
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0014
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0015
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0016
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0017
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0018
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0019
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0020
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0021
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0022
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0023
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0024
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0025
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0026
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0027
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0028
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0029
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0030
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0031
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0032
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0033
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0034
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0035
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0036
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0037
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0038
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0039
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0040
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0041
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0042
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0043
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0044
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0045
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0046
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0047
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0048
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0049
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0050
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0051
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0052
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0053
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0054
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0055
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0056
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0057
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0058
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0059
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0060
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0061
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0062
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0063
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0064
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0065
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0066
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0067
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0068
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0069
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0070
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0071
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0072
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0073
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0074
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0075
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0076
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0077
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0078
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0079
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0080
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0081
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0082
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0083
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0084
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0085
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0086
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0087
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0088
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0089
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0090
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0091
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0092
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0093
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0094
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0095
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0096
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0097
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0098
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0099
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0100
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0101
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0102
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0103
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0104
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0105
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0106
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0107
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0108
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./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0110
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0111
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0112
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0113
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0114
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0115
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0116
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0117
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0118
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0119
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0120
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0121
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0122
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0123
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./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0125
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0126
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0127
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0128
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0129
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0130
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0131
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0132
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0133
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0134
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0135
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0136
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0137
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0138
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0139
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0140
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0141
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0142
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0143
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0144
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0145
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0146
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0147
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0148
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0149
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0150
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0151
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0152
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0153
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0154
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0155
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0156
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0157
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0158
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0159
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0160
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0161
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0162
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0163
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0164
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0165
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0166
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0167
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0168
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0169
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0170
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0171
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0172
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0173
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0174
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0175
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0176
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0177
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0178
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0179
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0180
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0181
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0182
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0183
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0184
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0185
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0186
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0187
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0188
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0189
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0190
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0191
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0192
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0193
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0194
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0195
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0196
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0197
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0198
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0199
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0200
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0201
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0202
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0203
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0204
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0205
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0206
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0207
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0208
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0209
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0210
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0211
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0212
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0213
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0214
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0215
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0216
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0217
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0218
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0219
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0220
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0221
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0222
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0223
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0224
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0225
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0226
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0227
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0228
./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0229
./mc/prefiltered_func_data_mcf.par
./mc/prefiltered_func_data_mcf_abs.rms
./mc/prefiltered_func_data_mcf_abs_mean.rms
./mc/prefiltered_func_data_mcf_rel.rms
./mc/prefiltered_func_data_mcf_rel_mean.rms
./mc/rot.png
./mc/trans.png
./mc/disp.png
./mean_func.nii.gz
./mask.nii.gz
./filtered_func_data.nii.gz
./absbrainthresh.txt
./report_prestats.html
./report.html
yes, always run ICA-AROMA by specifying full paths to your files e.g., /home/me/mydata/sub001/preprocessing/filtered_func_data.nii.gz instead of filtered_func_data.nii.gz, even if you run it from the folder where the data is.