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Materiales del curso

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11 abril - Diapos clase 04
10 abril - Estudiantes! Consuelo realizará una presentación este martes sobre un tema súper relevante en genómica, i.e., el uso de librerías de representación reducida en genomas de organismos no modelo. El paper es: RAD-Seq: Nathan A. Baird et al., “Rapid SNP Discovery and Genetic Mapping Using Sequenced RAD Markers,” PLoS ONE 3, no. 10 (October 13, 2008): e3376, doi:10.1371/journal.pone.0003376.
5 abril - Estudiantes! La primera prueba de nuestro curso está lista para que Uds. comiencen a resolverla.
Prueba 01
3 abril - Estimados estudiantes, en el próximo laboratorio vamos a explorar herramientas para alineamientos múltiples en R. El laboratorio consiste en usar funciones en R para descargar genes de interés, usar el paquete msa para alinear estas secuencias, y finalmente usar el paquete DECIPHER para diseñar partidores. Esta vez el laboratorio no será tan estructurado como una guía paso a paso para que Uds. desarrollen la capacidad de resolver un problema concreto en R independientemente. Por supuesto, cualquier consulta que tengan no duden en contactarme.
Los paquetes son:

#####Recuerden revisar los vínculos para descargar e instalar los paquetes apropiados

29 marzo - Diapos clase 03
28 marzo - Diapos lab 01
En este lab vamos a comenzar a trabajar en R/Bioconductor para el manejo de secuecnias de DNA
20 marzo - Diapos clase 02
19 marzo - Daniel ya escogió un artículo para este martes y además vamos a tener otro para discutir entre todos. Daniel va a hacer una presentación de 30 minutos aproximadamente y después nos centraremos en la discusión del artículo. Yo voy a liderar la discusión esta vez y después vamos cambiando.

  • El artículo para la presentación está aquí
  • El artículo para la discusión está aquí

Saludos

Eduardo
15 marzo - Aparte de la clase, hoy también vamos a armar el calendario de presentaciones de artículos científicos. La idea es que escojamos artículos compilados por el biólogo computacional Lior Pachter (Bits of DNA) relacionados con análisis funcionales basados en secuenciamiento masivo (High-Throughput Sequencing)
15 marzo - diapos clase 01
14 marzo - Revisa los vínculos más abajo para traer tu computador listo para la clase

Para introducirte en R sigue los siguientes tutoriales (~25 minutos). Al completar estos tutoriales vas a estar en una mejor posición para comenzar con los prácticos más intensos.

Programa Bioinformática Genómica

Carrera : Ingeniería en Bioinformática

Asignatura : Bioinformática genómica (INB320)

Horas : 2 horas: lunes 10:20 – 12:00 horas.

2 horas: martes 12:10 – 13:50 horas.

Profesor responsable : Eduardo Castro (eduardo.castro@unab.cl; castronallar@gmail.com)

Horario de consultas : lunes 17:40 – 19:20 horas.

COMPETENCIAS ALCANZADAS AL FINALIZAR EL CURSO

El objetivo del curso es conocer los fundamentos teóricos detrás de la genómica computacional y su aplicación. El curso está diseñado de tal forma que el estudiante se exponga a 1) investigación de punta en el área, 2) algoritmos e implementaciones de software, y 3) que desarrolle experiencia directa.

Al término del curso, el estudiante exitoso habrá desarrollado la capacidad de analizar datos genómicos por si mismo, entender las opciones algorítmicas que se ajustan mejor a distintas situaciones experimentales, apreciar el estado del arte en esta disciplina.

EVALUACIONES

  • Pruebas escritas – 10% cada una; total 3 en el semestre = 30% de la nota de presentación al examen

  • Presentaciones – 25% de la nota de presentación al examen

  • Proyecto de clase (programación en R) – 30% de la nota de presentación al examen

  • Discusión de artículos – 15% de la nota de presentación al examen

  • Examen – 30% del total del curso

CONTENIDOS Y CRONOGRAMA DE LA ASIGNATURA

  • Técnicas de secuenciamiento de DNA: Sanger, HTS

  • Estrategias para la construcción de genotecas o librerías de DNA

  • Alineamiento local vs global: Needleman-Wunsch, Smith-Waterman. Alineamiento múltiple

  • Ensamblaje de genomas, evaluación, predicción de genes, anotación

  • Genómica comparativa, pangenomas, búsqueda de genes de interés, polimorfismos de sustitución simple, recombinación

  • Reconstrucción filogenética: modelos de sustitución, selección de modelos (AIC, BIC, LRT) criterios de optimalidad, modelos comparativos

  • Genómica de poblaciones, aplicaciones en eucariontes y procariontes. Filogeografía

  • Análisis de expresión génica (RNASeq; Microarrays)

  • Metagenómica y metatranscriptómica

t1 t2

*Cualquier eventual modificación de la información entregada en este documento será informada oportunamente a los alumnos.

PRUEBA RECUPERATIVA

No existen pruebas recuperativas. Si el alumno no rindió alguna solemne de cátedra o laboratorio, deberá dar examen y la nota obtenida reemplazará la nota de la solemne faltante. El el caso excepcional en que un estudiante falte a dos pruebas solemnes, la segunda nota será reemplazada por una prueba oral. Todas las ausencias a pruebas y controles tienen que ser justificadas. La justificación deberá ser presentada al coordinador del curso (plazo máximo 72 horas. como se describe en el reglamento estudiantil) para su aprobación. En el caso de una justificación médica, el estudiante deberá al menos presentar un certificado médico y el comprobante del bono.

NOTA DE PRESENTACION Y EXAMEN

NOTA DE PRESENTACION A EXAMEN (NP) = ver sección evaluaciones

NOTA FINAL = NP(70%) + EXAMEN (30%)

Todo alumno cuya nota de presentación (NP) sea igual o superior a 5,0 puede eximirse de rendir examen, siempre y cuando no tenga notas inferiores a 4,0 en las pruebas y las otras evaluaciones.

METODOLOGÍA DE ACTIVIDADES ACADÉMICAS

Clases teórico prácticas, enseñanza basada en proyectos.

NORMAS DE DISCIPLINA Y PROCEDIMIENTOS EN LABORATORIOS

Durante todas las actividades, los alumnos deben cumplir las siguientes condiciones:

1. Puntualidad: La puntualidad es de máxima importancia en esta clase. Si el estudiante está atrasado por más de 10 minutos, se le recomienda no entrar a la sala de clases. Recuerde que todas las ausencias a evaluaciones tienen que ser justificadas.

2. Disciplina: Las normas de orden y disciplina deben ser mantenidas durante todas las actividades. Esto significa que no pueden hacer uso de telefonía celular u otra forma de comunicación digital mientras se encuentren dentro de la sala de clases. En cuanto a las normas de respeto y sana convivencia, se exigirá un lenguaje adecuado y un comportamiento acorde a un estudiante universitario.

3. Participación: Se espera participación activa en las clases (Ej.: hacer preguntas, discutir los temas, etc.)

4. Evaluación: Cada estudiante es responsable de traer consigo, lápiz pasta, goma, lápiz grafito, corrector, regla, calculadora (no se aceptará el uso de celulares con este fin), de manera que no se aceptarán préstamos entre los alumnos mientras se realice la evaluación.

RECURSOS