/HMGRL

Primary LanguagePython

This code is provided for paper "Hierarchical Multi-Relational Graph Representation Learning for Large-Scale Prediction of Drug-Drug Interactions".
This paper has been accepted by IEEE Transactions on Big Data.

Dataset 1

--dataset dataset1 --task task1 --learn_rating 0.00001 --dr 0.3 --g_d 1024 --batch_size 512
--hd1 1500 --hd2 200 --clusters 300 --gc_weight 0.2 --heads 4 --layers 1 --n_hop 0

--dataset dataset1 --task task2 --learn_rating 0.000005 --dr 0.2 --g_d 500 --batch_size 1024
 --hd1 800 --hd2 800 --clusters 400 --gc_weight 0.5 --heads 4 --layers 1 --n_hop 3

--dataset dataset1 --task task3 --learn_rating 0.000005 --dr 0.4 --g_d 500 --batch_size 1024
--hd1 800  --hd2 800 --clusters 400 --gc_weight 0.5 --heads 4 --layers 1 --n_hop 3

Dataset 2

--dataset dataset2 --task task1  --learn_rating 0.00002  --dr 0.5 --g_d 500 --batch_size 1024
--hd1 1000 --hd2 500  --clusters 600  --gc_weight 0.1  --heads 4  --layers 1  --n_hop 0

--dataset dataset2 --task task2  --learn_rating 0.000005 --dr 0.5 --g_d 500 --batch_size 1024
--hd1 800 --hd2 800   --clusters 400  --gc_weight 0.1  --heads 4  --layers 1  --n_hop 3

--dataset dataset2 --task task3  --learn_rating 0.000005 --dr 0.5 --g_d 500 --batch_size 1024
--hd1 800 --hd2 800  --clusters 400  --gc_weight 0.1   --heads 4  --layers 1  --n_hop 3