meso-cacase/20200518

情報生命工学 2020/5/18

生命科学を支える塩基配列データベース・ウェブツール

ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）
内藤 雄樹（自己紹介）
2020年5月18日「情報生命工学」資料

• スライドPDF

講習で紹介するデータベースやウェブツールへのリンクです。

Integbioデータベースカタログ

• Integbioデータベースカタログ – https://integbio.jp/dbcatalog/
• 統合TVによる解説動画
  • Integbioデータベースカタログの使い方 2017

統合TV

• 統合TV – https://togotv.dbcls.jp/
• 統合TVによる解説動画
  • 統合TVによる統合TVの使い方

NCBI

• NCBI - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

NCBI BLAST

• NCBI BLAST - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST

UCSC BLAT

• UCSC BLAT - https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat
• 配列を探してみよう - tgaatgaagacgatcgactcaaattcacagctccacaggatggaattcttcttaacaaagctcgacaattcgga （線虫）
• 統合TVによる解説動画
  • 高速アラインメントツールBLATをプライマー設計支援ツールとして使い倒す2009

UCSCゲノムブラウザ

• UCSCゲノムブラウザ – https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks
• 統合TVによる解説動画
  • UCSC Genome Browserの使い方〜基本編
  • UCSC Genome Browserの使い方〜表示編
  • UCSC Genome Browser の使い方〜アノテーショントラック編〜
  • UCSC Genome Browserの使い方〜wig形式のファイルをトラックとして追加する〜
  • UCSC Genome Browserの使い方〜表示+ENCODE編〜 2012
  • UCSC genome browserの使い方～配列取得編～2013

統合遺伝子検索GGRNA

• 統合遺伝子検索GGRNA – https://GGRNA.dbcls.jp/
• 統合TVによる解説動画
  • GGRNAで遺伝子をGoogleのように検索する
• ヒトのnanogを検索 – https://GGRNA.dbcls.jp/hs/nanog
• Accession番号から検索 – https://GGRNA.dbcls.jp/NM_003380
• 塩基配列から検索
  • 14bp – https://GGRNA.dbcls.jp/hs/caagaagagattgc
  • 11bp – https://GGRNA.dbcls.jp/hs/caagaagagat
  • 8bp – https://GGRNA.dbcls.jp/hs/caagaaga
• アミノ酸配列から検索 – https://GGRNA.dbcls.jp/SEHPL+MTCQSC
• PCRプライマー検索 – https://GGRNA.dbcls.jp/hs/seq%3aagctcattactttatcagtgca+comp%3atgacgtattcactcttctggtt
• マイクロアレイのプローブ検索 – https://GGRNA.dbcls.jp/1552311_a_at

高速配列検索GGGenome

• 高速配列検索GGGenome – https://GGGenome.dbcls.jp/
  • 統合TVによる解説動画
    • 高速配列検索 GGGenome《ゲゲゲノム》の使い方
    • GGGenome《ゲゲゲノム》で転写因子結合サイトを検索してゲノムブラウザに表示する
  • ミスマッチやギャップを含む検索 – https://GGGenome.dbcls.jp/hg19/2/TTCACTGACAACATTGAGTA
  • 表計算ソフトで塩基配列検索
    • Googleスプレッドシート を参照
  • 検索結果をゲノムブラウザ上に表示
    1. UCSCゲノムブラウザ (http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks)
    2. 「add custom tracks」ボタン
    3. 「https://GGGenome.dbcls.jp/hg19/(検索したい配列).bed」と入力

CRISPR設計ウェブサーバCRISPRdirect

• CRISPRdirect - https://crispr.dbcls.jp/
• 統合TVによる解説動画
  • CRISPRdirectを使ってCRISPR/Cas法のガイドRNA配列を設計する

参考：各生物種のゲノム

• NCBI Genome - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse/
• Ensembl Genomes - http://ensemblgenomes.org/
  • 昆虫はEnsembl Metazoa - http://metazoa.ensembl.org/
  • 植物はEnsembl Plants - http://plants.ensembl.org/

おまけ：研究に役立つウェブツール

• siRNA設計ツールsiDirect - http://siDirect2.RNAi.jp/
• 統合TVによる解説動画
  • siDirectでsiRNAを設計する2011
  • siDirectのオプションを使いこなす & shRNAを設計する

• テキスト比較ツール difff《ﾃﾞｭﾌﾌ》(https://difff.jp/)
• 統合TVによる解説動画
  • difff《ﾃﾞｭﾌﾌ》を使って文章の変更箇所を調べる

• Wolfram Alpha (https://www.wolframalpha.com/)
• 統合TVによる解説動画
  • WolframAlphaを使い倒す
  • Wolfram Alpha を高機能関数電卓として使う その1:基本操作編
  • Wolfram Alpha を高機能関数電卓として使う その2:数式入力編
  • Wolfram Alpha を高機能関数電卓として使う その3:微分・積分・方程式編

• TogoDB (http://togodb.org/)
• 統合TVによる解説動画
  • TogoDBの使い方 自分のデータベースを作る

• 研究者の情報を調べるためのツール

  • 研究成果から
    • 日本の博士論文をさがす CiNii Dissertations - http://ci.nii.ac.jp/d/
    • 特許情報プラットフォーム J-PlatPat - https://www.j-platpat.inpit.go.jp/
  • 研究資金から
    • 科研費採択課題 KAKEN - https://kaken.nii.ac.jp/
    • 日本の研究.com - https://research-er.jp/
  • 本人が発信する情報から
    • researchmap - http://researchmap.jp/
    • Facebook - https://www.facebook.com/
    • Twitter - https://twitter.com/

• 参考：内藤雄樹 編『今日から使える! データベース・ウェブツール 達人になるための実践ガイド100』実験医学増刊 2014年12月発行

License

Copyright © 2020 Yuki Naito (@meso_cacase) at
Database Center for Life Science (DBCLS), Japan.
Licensed under CC-BY 4.0.