GGRNA is a Google-like full text search engine for genes and transcripts.
The web server of GGRNA is freely available to all users.
English version of GGRNA: https://GGRNA.dbcls.jp/en/
遺伝子をGoogleのように検索できるウェブサービスです。
検索キーワードとして、遺伝子名やアクセッション番号など各種のIDをはじめ、
遺伝子の機能やタンパク質のドメイン名、さらには、塩基配列やアミノ酸配列など、
あらゆる語句を単一の検索窓に入力するだけでRefSeqに登録された転写産物を
すばやく探し出すことができます。
- 統合遺伝子検索GGRNA (https://GGRNA.dbcls.jp/)
本レポジトリにあるCGIが実際に稼働しています。
なお、本レポジトリはGGRNAのウェブインターフェース部分です。
ユーザからのリクエストを受け付け、検索を実行するサーチャにクエリを発行し、
得られたデータを処理してユーザに検索結果を返します。
サーチャは レトリバ の
Sedue を使用しています。
Sedueは、接尾辞配列のインデックスをSSDに保持することによって、塩基配列や
アミノ酸配列を含む検索語を、見落としなく、きわめて高速に検索します。
トップページ (左図) の検索窓に、
Argonaute "PAZ domain"
と入力して
ヒトの遺伝子を検索した例 (右図)。キーワードは緑色にハイライトされます。
また、マイクロアレイのプローブID
1552311_a_at
を検索した例 (下図)。
AffymetrixのプローブIDは、対応する25 merのプローブ配列×11本に変換され、
塩基配列による検索が行われます。
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GGRNAのヘルプページ
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内藤雄樹・坊農秀雅 (2012)
統合遺伝子検索GGRNA：遺伝子をGoogleのように検索できるウェブサーバ.
ライフサイエンス 新着論文レビュー (DBCLSからの成果発信). [PDF] -
Yuki Naito & Hidemasa Bono (2012)
GGRNA: an ultrafast, transcript-oriented search engine for genes and transcripts.
Nucleic Acids Res. 40, W592-W596.
- 高速塩基配列検索GGGenome (https://GGGenome.dbcls.jp/)
- Wiki に移動しました。
- GGRNA.v2をリリース。
従来のGGRNAは、インメモリの圧縮接尾辞配列インデックスを利用していたため、
メモリ容量の制約から13種類のモデル生物に限ってサービスを提供してきました。
また、ヒット件数が極端に多い場合は圧縮接尾辞配列の解凍に時間がかかるという
課題がありました。そこで、サーチャを最新版のSedueに置き換えて、非圧縮の
接尾辞配列インデックスをSSDに載せる方針 (SSD方式) に変更しました。
Copyright © 2012-2025 Yuki Naito
(@meso_cacase) at
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